三天假扣所有工资是否合法，主要取决于用人单位是否有合法合理的依据、是否遵循了相关程序以及是否符合法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
规章制度依据明确且程序合法：
- 用人单位若通过民主程序制定了规章制度，并已向劳动者公示，明确规定在某些情形下（如旷工、迟到早退达到一定次数等）可以扣除相应工资，且扣除所有工资的行为与规章制度相符，则此扣除行为具有合法性基础。但需注意，扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
劳动者原因造成经济损失：
- 若劳动者因自身故意或重大过失行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿。赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。若三天假的扣除金额符合这一规定，且扣除的是因劳动者原因造成的经济损失赔偿，则可能是合法的。
员工请事假且规章制度有明确规定：
- 若员工请的是事假，且用人单位的规章制度中明确规定，请事假期间将扣除全部工资（这种规定较为罕见且可能不合理，但若存在且已公示，则可能构成合法依据），同时扣除后的剩余工资（若存在）不低于当地月最低工资标准，则扣除行为可能被视为合法。但这种情况较为特殊，且可能引发争议。
不合法情况
缺乏规章制度依据或程序不合法：
- 若用人单位没有制定合法有效的规章制度，或虽有制度但未经过民主程序制定及公示，或扣除理由与规章制度不符，则扣除三天假期间的所有工资行为缺乏合法性基础。
无故克扣工资：
- 在劳动者正常工作、无违规违纪行为，且未给用人单位造成经济损失的情况下，用人单位无故克扣三天假期间的所有工资是违法的。我国法律明确规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
扣除后工资低于最低工资标准：
- 无论何种原因扣除工资，扣除后的剩余工资均不得低于当地月最低工资标准。若扣除三天假期间的所有工资后，劳动者的工资低于这一标准，则扣除行为违法。
劳动者应对措施
- 沟通协商：首先与用人单位进行沟通协商，要求说明扣工资的理由，并提供相应的证据和规章制度依据。
- 投诉举报：若协商不成，劳动者可向劳动监察部门投诉，要求用人单位支付被扣工资。
- 劳动仲裁或诉讼：在必要时，劳动者可通过劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。
举例说明：假设小李请了三天事假，用人单位以其未提供劳动为由扣除其三天工资。若用人单位的规章制度中明确规定了事假期间工资的扣除方式，且扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准，则此扣除行为可能合法。但若用人单位无规章制度依据，或扣除后工资低于最低工资标准，则扣除行为违法。
总结：三天假扣所有工资是否合法需根据具体情况判断。劳动者应了解相关法律法规，保护自己的合法权益；用人单位也应遵守法律规定，合理行使用工管理权。若您遇到此类问题，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。