机关单位清退临聘人员时，补偿工资通常是按照实发工资来计算的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 法律依据与实发工资原则

根据《劳动合同法》的相关规定，当用人单位解除或终止劳动合同时，应当向劳动者支付经济补偿。经济补偿的计算基数通常是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，这里的“平均工资”一般指的是应发工资，但在实际操作中，由于应发工资包含了社保、公积金等个人缴纳部分以及可能的奖金、津贴等，而实发工资是劳动者实际到手的金额，在多数情况下，经济补偿的计算会以实发工资为基础进行适当调整，或直接以实发工资作为参考，尤其是当应发工资与实发工资差异不大，或者合同、单位规章制度中有明确规定时。不过，严格从法律条文出发，若应发工资更准确反映劳动者收入水平，也可能作为计算依据，具体需结合实际情况与地方规定。

2. 补偿工资的具体计算

• 经济补偿的计算：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的“一个月工资”即指前述的平均工资，实践中多以实发工资为核心参考。
• 特殊情况下的补偿：如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这种情况下，补偿的计算基数会受到上限的限制，但依然与实发工资水平相关联。

3. 实际操作中的注意事项

• 合同与规章制度：首先，应查看劳动合同以及单位的规章制度，看是否有关于经济补偿计算基数的明确规定。如果有，则按照规定执行。
• 协商与调解：如果合同或规章制度中没有明确规定，或者规定不明确，建议与单位进行协商，看是否能够达成一致意见。协商过程中，可以参考同行业、同地区的类似案例，以及地方性的劳动法规和政策。
• 法律途径：如果协商无果，可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。

4. 建议与总结

• 保留证据：在清退过程中，务必保留好相关的证据，如劳动合同、工资条、银行流水等，以便在需要时证明自己的收入水平。
• 及时咨询：如果对经济补偿的计算有疑问，或者认为自己的权益受到了侵害，建议及时咨询专业的劳动法律师，以便得到更准确、更全面的法律建议。

总结来说，机关单位清退临聘人员时，补偿工资的计算通常会以实发工资为基础进行适当调整或直接参考。但具体计算方式还需结合劳动合同、单位规章制度以及地方性的劳动法规和政策来确定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。