用人单位清退员工时，赔偿的计算基数是按照劳动者的应发工资来计算，而非实发工资。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据与规定

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条：明确规定经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
2. 《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条：进一步解释，劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。

二、应发工资与实发工资的区别

• 应发工资：指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。简而言之，就是劳动者在正常提供劳动的情况下，应获得的全部劳动报酬，是在任何税费和其他扣款之前的总额。
• 实发工资：是劳动者实际到手的工资，即应发工资扣除个人缴纳的社保、公积金、个人所得税等费用后的金额。

三、为何以应发工资为计算基数

1. 体现劳动价值：应发工资更全面地反映了劳动者在正常工作时间内的劳动价值，包括基本工资、奖金、津贴等各项收入。
2. 保障劳动者权益：以应发工资为计算基数，能够确保劳动者在获得经济补偿时，其权益得到充分保障，避免因扣除各项费用而导致补偿金额减少。
3. 法律规定：如前所述，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》明确规定了经济补偿的月工资应按照劳动者应得工资计算。

四、具体计算示例

假设员工小李每月基本工资6000元，加上奖金800元和各项补贴500元，那么他的应发工资为7300元。若当月扣除个人所得税200元、社保个人缴纳部分400元、住房公积金个人缴纳部分600元，其实发工资为6100元。在用人单位清退小李并计算经济补偿时，应以7300元（应发工资）为准，而非6100元（实发工资）。

五、特殊情况下的处理

1. 如果劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的月平均工资低于当地最低工资标准：那么在计算经济补偿时，应当按照当地最低工资标准计算。
2. 如果劳动者工作不满12个月：则按照实际工作的月数计算平均工资。
3. 加班工资与未实际发放福利：加班工资如果属于劳动者应得劳动报酬的一部分，且劳动合同或公司规章制度中有明确规定，则应纳入计算基数。对于一些已经确定但尚未实际发放的福利，如已确定的年终奖金、季度奖金等，如果在劳动合同解除或终止前已经明确属于劳动者的应得收入，也应计入应发工资范畴来计算经济补偿金。

综上所述，用人单位在清退员工时，赔偿的计算基数应按照劳动者的应发工资来计算。这一规定既符合法律法规，也能更全面地保障劳动者的权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，欢迎直接向我咨询。