在一个公司确实可能发生两次工伤赔偿的情况，且两次工伤会分别进行赔偿。以下是详细的分析和解答：
一、法律依据与原则
根据《工伤保险条例》的相关规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇。这意味着，每次工伤都应独立进行认定和赔偿。特别是《工伤保险条例》第四十五条明确规定：“职工再次发生工伤，根据规定应当享受伤残津贴的，按照新认定的伤残等级享受伤残津贴待遇。”这一条款直接支持了在一个公司发生两次工伤时，应分别进行赔偿的原则。
二、赔偿处理流程
工伤认定阶段：
- 每次工伤均需单独申请认定，提供医疗诊断证明、事故见证人笔录、工作记录等材料。
- 时限上，需自事故发生之日起1年内提出工伤认定申请。
劳动能力鉴定阶段：
- 每次工伤对应独立鉴定结论，根据伤残等级确定赔偿标准。
- 若存在多处伤残，按晋级原则确定最终等级。例如，双眼受伤导致不同等级伤残时，取较高等级上浮一级。
赔偿计算阶段：
- 医疗费用：按实际支出报销，包括康复费用。需区分新旧伤治疗费用的关联性。
- 停工留薪期工资：分别计算每次工伤的医疗期和工资待遇，标准为原工资福利待遇不变。
- 伤残补助金：根据最新伤残等级计算一次性补助金。例如，七级至十级伤残可获7-27个月工资补偿。
- 就业补助金：解除劳动关系时支付，具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定。
三、特殊注意事项
单位责任强化：
- 若单位未依法参保，需全额承担赔偿责任，包括医疗费、护理费、伤残津贴等全部法定项目。
民事索赔路径：
- 存在第三方侵权时，可主张双重赔偿。但医疗费等直接损失不得重复受偿。
程序衔接要点：
- 劳动仲裁时效为1年，需及时主张权利。
- 可同时主张工伤赔偿与人身损害赔偿，但需注意赔偿项目的重叠与区分。
四、实际案例参考
以某工人为例，其左手首次工伤致九级伤残，半年后右手再次工伤致八级伤残。处理结果如下：
- 分别完成两次工伤认定。
- 最终评定为七级伤残（晋级原则）。
- 获得合计29个月工资的伤残补助金。
- 保留劳动关系并享受相应津贴。
五、建议与总结
- 及时申请工伤认定：每次工伤发生后，都应及时向社会保险行政部门提出工伤认定申请，确保权益得到保障。
- 保留相关证据：包括医疗诊断证明、事故见证人笔录、工作记录等，以便在工伤认定和赔偿过程中提供有力支持。
- 咨询专业律师：在处理复杂的工伤赔偿问题时，建议咨询专业律师，以确保赔偿方案的合理性和合法性。
总之，在一个公司发生两次工伤时，应分别进行赔偿。职工应了解自己的权益和赔偿流程，及时申请工伤认定和劳动能力鉴定，以确保获得应有的赔偿。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。