员工申请劳动仲裁，公司不一定会受到处罚，这主要取决于仲裁结果及公司在劳动争议中的行为是否违法。以下是对此问题的详细分析：
一、公司可能受到处罚的情况
存在违法行为：
- 若仲裁结果判定公司存在违法行为，如拖欠工资、未依法缴纳社保、违法解除劳动合同等，公司需承担相应法律责任。
- 具体责任可能包括支付拖欠工资、经济补偿金（通常为劳动者在本单位工作年限每满一年支付一个月工资的标准）、赔偿金（若构成违法解除，赔偿金为经济补偿标准的二倍）等费用。
- 若公司拒不履行仲裁裁决，劳动者可向法院申请强制执行，公司还可能面临罚款、拘留等处罚。在极端情况下，如公司构成拒不支付劳动报酬罪等犯罪行为，还将依法被追究刑事责任。
情节严重：
- 若公司的违法行为情节严重，还可能面临信用惩戒，影响其招投标、融资等活动。
二、公司通常不会受到处罚的情况
无违法行为：
- 若仲裁结果显示公司无违法行为，公司通常不会受到处罚。
双方达成和解：
- 若在劳动仲裁过程中，公司与员工达成和解，公司也通常不会受到处罚。和解是解决劳动争议的一种有效方式，有助于双方快速、低成本地解决纠纷。
三、公司可能面临的其他后果
声誉影响：
- 劳动仲裁案件的公开处理可能对公司的声誉产生负面影响，影响合作伙伴的选择、客户的信任以及潜在员工的招聘。
运营成本增加：
- 应对劳动仲裁需要公司投入大量的人力和时间，包括准备证据、参加庭审等。此外，聘请律师代理案件也会产生额外的律师费用，增加公司的运营成本。
内部管理整改：
- 劳动仲裁结果可能揭示公司在劳动用工管理上的问题，如规章制度不健全、工时管理混乱等。为避免未来纠纷，公司需投入资源进行内部整改，完善管理制度。
建议：
- 公司应严格遵守劳动法律法规，确保员工的合法权益得到保障，避免违法行为的发生。
- 加强内部管理，完善规章制度，确保劳动用工管理的合法性和规范性。
- 积极与员工沟通协商，在发生劳动争议时，尽量通过和解等方式解决纠纷，降低法律风险和运营成本。
若公司面临劳动仲裁相关问题，或有任何法律疑问，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。