结论前置：法院未对出生医学证明办理缺乏关键材料的情况进行调查，不一定构成程序违法，需结合具体情形判断。以下分情况详细说明：
1. 若法院已履行基本举证责任分配义务，未主动调查不违法
根据《民事诉讼法》第67条及司法解释，当事人对自己提出的主张有责任提供证据。若对方已提交出生医学证明（即使存在材料瑕疵），法院通常不会主动调查取证，除非：
- 您申请法院调查取证：若您认为出生医学证明存在伪造、关键材料缺失影响真实性，需在举证期限内向法院提交书面申请，说明调查对象、内容及无法自行收集的原因（如涉及医院档案保管等）。若未申请，法院未调查不违法。
- 证据与案件核心事实无关：若出生医学证明仅用于辅助证明亲子关系，而法院已通过其他证据（如DNA鉴定、共同生活证明等）认定抚养关系，则出生医学证明的瑕疵不影响案件结果，法院无需调查。
2. 若法院未依职权调查关键证据，可能构成程序瑕疵
根据《民事诉讼法》第67条第2款，法院认为审理案件需要的证据，应当调查收集。若出生医学证明的缺失材料直接涉及：
- 子女身份真实性（如无接生记录、签章虚假）；
- 抚养费计算基数（如出生时间影响年龄认定，进而影响抚养费标准）；
且您已提出合理怀疑并申请调查，法院未调查可能构成程序违法。此时您可通过上诉或申请再审主张程序错误。
3. 关键材料缺失的实质影响
即使出生医学证明存在材料瑕疵，法院仍可能综合其他证据认定事实。例如：
- 若对方能提供户口本、接种记录等佐证子女身份；
- 若您曾通过转账、书面协议等方式承认抚养关系；
则出生医学证明的瑕疵可能被其他证据补强，法院未调查不必然导致实体错误。
行动建议
- 核查举证程序：确认是否在举证期限内提交了调查申请及理由；
- 补强其他证据：收集亲子关系、抚养费支付情况等间接证据；
- 主张程序违法：若符合第2点情形，可在上诉或再审中明确指出法院未依职权调查的违法性。
提示：抚养费案件中，证据的完整性和逻辑性至关重要。若您对具体证据效力或程序问题有疑问，可直接向我提供案件细节，我将进一步分析。