可以申请仲裁。针对您提出的“调解协议与工资工厂扣款不符能否申请仲裁”的问题，以下是从不同角度的详细分析：

一、调解协议的法律效力

调解协议是双方自愿达成的，具有法律约束力。一旦双方签署了调解协议，就应当按照协议内容履行各自的义务。如果工厂在后续执行中违反了调解协议，比如扣款与协议不符，那么您有权采取法律手段维护自己的权益。

二、申请仲裁的法律依据

根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动者与用人单位之间因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议，属于劳动争议仲裁的受理范围。您的情况中，调解协议与工资工厂扣款不符，实际上涉及到了劳动报酬的争议，因此完全符合申请仲裁的条件。

三、申请仲裁的具体流程

1. 准备材料：您需要准备与争议相关的证据材料，如调解协议、工资条、扣款通知等，以证明工厂违反了调解协议。
2. 提交申请：向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书，并附上相关证据材料。
3. 仲裁受理：仲裁委员会在收到申请后，会进行审查并决定是否受理。如果受理，会通知双方并安排开庭时间。
4. 开庭审理：在仲裁庭上，双方可以陈述自己的观点和证据，仲裁员会进行调解或作出裁决。
5. 执行裁决：如果仲裁裁决支持了您的请求，工厂应当履行裁决义务。如果工厂不履行，您可以向法院申请强制执行。

四、可能面临的法律后果

1. 如果仲裁裁决支持您：工厂需要按照裁决结果支付您应得的工资，并可能承担因违反调解协议而产生的其他法律责任。
2. 如果仲裁裁决不支持您：您可能需要考虑是否接受裁决结果，或者进一步向法院提起诉讼。但这种情况通常意味着您的证据或理由不足以支持您的主张。

五、建议与提醒

• 保留证据：在申请仲裁前，请务必保留好与争议相关的所有证据材料，以便在仲裁过程中证明自己的主张。
• 及时申请：一旦发现工厂违反了调解协议，请尽快向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以免超过仲裁时效。
• 寻求专业帮助：如果您对仲裁流程或法律条款不熟悉，可以考虑咨询专业律师或法律援助机构的帮助。

总结：调解协议与工资工厂扣款不符时，您完全有权申请仲裁来维护自己的合法权益。在申请过程中，请务必保留好相关证据材料，并按照仲裁流程进行操作。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。