当您发现邻居盖房不按协议执行，且房屋已经建好时，您可以按照以下步骤来维护自己的权益：

一、尝试与邻居协商

首先，建议您尝试与邻居进行友好协商。在协商过程中，您可以明确指出邻居建房行为违反了协议的具体内容，并提出合理的补救措施，比如要求邻居将超出协议范围的部分拆除或进行合理改造，以使其符合协议要求。通过友好沟通，有可能让邻居认识到自身行为的不妥，并主动采取补救措施。

二、收集相关证据

如果协商无果，那么您需要着手收集相关证据，以支持您的主张。这些证据可以包括：

1. 当初签订的协议：这是最有力的书面凭证，能够证明您与邻居之间关于建房的具体约定。
2. 建房过程中的照片：照片应清晰显示建房的实际情况，包括违规部分的具体位置和特征。
3. 证人证言：如果有其他人目睹了建房过程中的违规行为，他们的证词也能起到重要作用。请确保证人愿意出庭作证，并了解其证词的法律效力。

三、向相关部门投诉或举报

收集好证据后，您可以向当地村镇建设管理部门投诉或举报邻居的违规建房行为。在投诉或举报时，请提供详细的证据材料，并说明邻居建房行为违反了哪些具体规定或协议内容。相关部门将会对邻居的违规行为展开查处，并要求其采取补救措施。

四、考虑法律途径

如果村镇建设管理部门未能妥善处理此事，或者您对处理结果不满意，那么您可以考虑向人民法院提起民事诉讼。在诉讼中，您需要清晰明确地阐述自己的诉求和依据，比如请求法院判令邻居拆除违规建筑，恢复到符合协议的状态；或者要求邻居承担相应的赔偿责任，以弥补其违规建房行为给您带来的损失。

五、积极配合法院工作

在诉讼过程中，您需要积极配合法院的调查和审理工作，提供真实有效的证据，并按照法院的要求出庭作证或提供其他协助。通过法律途径维护自己的合法权益，需要耐心和毅力，但只要您坚持下去，就有可能获得公正的裁决。

总之，面对邻居盖房不按协议执行的情况，您应该保持冷静和理性，通过友好协商、收集证据、投诉举报和法律途径等步骤来维护自己的权益。希望这些建议能够对您有所帮助。