结论前置：商务司机违章罚款扣分的承担主体需根据具体情况判断，主要分为以下两种情形：

1. 司机个人原因导致的违章

若违章行为系司机主观故意或过失（如超速、闯红灯、违规停车等），且与职务行为无直接关联，则罚款及扣分原则上由司机本人承担。

• 法律依据：根据《道路交通安全法》及相关实施条例，违章行为的法律责任主体为实际驾驶人。
  
• 实务处理：企业通常会在劳动合同或规章制度中明确，司机需自行处理个人违章记录，否则可能面临内部处分（如扣发奖金、解除合同）。
  
• 例外情形：若企业未尽到管理义务（如未提供合规车辆、未明确告知路线限制），可能需承担部分责任，但需具体证据支持。

2. 执行工作任务过程中导致的违章

若违章行为系因执行职务（如接送客户、运输货物）引发，且符合以下条件，则企业可能需承担连带责任：

• 企业指示或默许：例如，企业要求司机超时驾驶导致疲劳违章，或未提供合法停车许可导致违停。
  
• 车辆或设备问题：如企业提供的车辆存在故障（如刹车失灵），间接导致违章。
  
• 路线规划问题：企业指定的路线存在禁行区域，司机按指示行驶后被处罚。
  
• 实务处理：此时企业需承担罚款，但扣分通常仍由司机承担（因扣分针对驾驶资格，无法转移）。企业可通过内部报销、调整考核等方式减轻司机负担。

关键建议

1. 司机角度：保留违章证据（如行车记录仪、企业指令记录），若认为违章与企业有关，可主张企业分担责任。
   
2. 企业角度：完善车辆管理制度，明确违章责任条款，定期培训司机合规驾驶，降低法律风险。
   
3. 争议解决：若双方对责任划分有异议，可通过劳动仲裁或诉讼解决，需提交证据证明违章与职务的关联性。

温馨提示：法律责任需结合具体证据判断，如有复杂情况，可直接向我咨询，我会结合案例为您详细分析。