货车超载扣分罚款的承担主体需分情况讨论，具体如下：

1. 若司机受雇于公司且执行职务行为
   根据《民法典》第1191条，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。因此：

   • 罚款：通常由公司承担，因超载行为属于职务行为，公司作为雇主需对员工的职务行为负责。
     
   • 扣分：驾驶证扣分直接针对驾驶员个人，但若公司存在强制超载、未提供安全运输条件等过错，司机可主张公司承担部分责任（如通过劳动仲裁或诉讼要求补偿）。
     

2. 若司机与公司为挂靠或承包关系
   若司机以个人名义挂靠公司运营，或承包公司车辆自主经营：

   • 罚款与扣分：一般由司机自行承担，因此时司机是实际运输行为的直接责任人，公司仅提供资质或车辆，不直接参与运营。
     
   • 例外情形：若公司明知司机超载仍提供便利（如放行、协助逃避检查），可能因共同违法被行政处罚，甚至承担连带赔偿责任。
     

3. 若司机存在故意或重大过失
   即使属于职务行为，若司机明知超载违法仍故意为之，或因严重疏忽导致超载：

   • 公司承担责任后：可依据内部规章制度或劳动合同向司机追偿（如要求赔偿罚款、车辆停运损失等）。
     
   • 刑事责任：若超载引发重大事故，司机可能构成交通肇事罪，需独立承担刑事责任，公司不涉及刑事处罚（除非存在指使、强令超载等情形）。
     

建议：

• 公司层面：应完善运输管理制度，明确禁止超载，并通过培训、监控等手段监督执行，降低法律风险。
  
• 司机层面：若因公司要求超载，可留存证据（如聊天记录、录音）以备维权；若自行超载，需主动承担责任，避免扩大损失。
  

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