超载扣留机动车的费用，一般由违法行为人（即超载的驾驶员或车主）承担。以下从不同角度为你详细分析：
法律依据角度
根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，公安机关交通管理部门及其交通警察在执法过程中，对违反道路交通安全法律、法规关于机动车停放、临时停车规定的，可以指出违法行为，并予以口头警告，令其立即驶离。对于机动车驾驶人不在现场或者虽在现场但拒绝立即驶离，妨碍其他车辆、行人通行的，处二十元以上二百元以下罚款，并可以将该机动车拖移至不妨碍交通的地点或者公安机关交通管理部门指定的地点停放。虽然该条款并未直接提及超载扣留机动车的费用承担问题，但依据一般法律原则，因违法行为导致的费用，应由违法行为人承担。
在超载的情况下，驾驶员或车主违反了道路交通安全法规，公安机关交通管理部门为了维护道路交通秩序和安全，有权对超载车辆进行扣留。在此过程中产生的拖车费、停车费等费用，属于因违法行为人违法行为导致的额外支出，因此应由违法行为人承担。
实际操作角度
在实际操作中，当公安机关交通管理部门因超载扣留机动车时，会告知驾驶员或车主相关费用及支付方式。这些费用通常包括拖车费、停车费等，具体金额根据当地实际情况和扣留时间等因素确定。驾驶员或车主在领取被扣留的机动车时，需要支付这些费用。如果拒绝支付，公安机关交通管理部门有权依法采取相应措施，如暂不发放机动车等，直至费用支付完毕。
特殊情况处理
当然，也存在一些特殊情况。例如，如果超载行为是由于不可抗力或紧急避险等原因导致的，且驾驶员或车主能够提供充分证据证明其无过错或过错较小，那么在与公安机关交通管理部门沟通协商后，可能可以减免部分或全部费用。但这种情况较为少见，且需要严格的证据支持。
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