结论：驾驶客运机动车超载被公安交通部门扣留，因此产生的顾客费用（如转运费用、等待期间的食宿费用等）原则上应由超载的客运机动车运营方或驾驶员承担。

详细分析：

1. 超载的法律责任：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，客运机动车不得超过核定的载客人数。超载是违法行为，一旦被发现，公安交通部门有权对超载车辆进行扣留，并对驾驶员或运营方进行处罚。

2. 费用承担原则：

   • 在超载被扣留的情况下，顾客（乘客）是无辜的，他们因运营方或驾驶员的违法行为而遭受了不便和可能的损失。
   • 从法律原则和公平角度出发，因违法行为导致的额外费用（如顾客需要转运、等待期间的食宿费用等）应由违法行为人（即超载的客运机动车运营方或驾驶员）承担。

3. 具体费用类型与承担：

   • 转运费用：如果顾客因超载被扣留而需要转运至目的地，转运费用应由超载的运营方或驾驶员承担。
   • 等待期间的食宿费用：如果顾客在等待处理超载事宜期间产生了食宿费用，且这些费用是合理且必要的，也应由超载的运营方或驾驶员承担。
   • 其他可能的费用：如顾客因超载事件而产生的其他合理损失（如误工费、交通费等），在能够证明与超载事件有直接因果关系的情况下，也可能由超载的运营方或驾驶员承担。

4. 特殊情况与例外：

   • 如果顾客在明知车辆超载的情况下仍然选择乘坐，且因此产生了某些费用或损失，顾客自身也可能需要承担一定的责任。但在大多数情况下，顾客是无辜的，且难以预见超载情况，因此这一例外情况较为少见。
   • 如果超载事件是由不可抗力或第三方原因导致的（如车辆故障被其他车辆强行加塞导致超载等），且运营方或驾驶员能够证明自身无过错，那么费用承担问题可能需要根据具体情况进行协商或诉讼解决。但在实际操作中，这种情况较为复杂且难以证明。

建议与行动：

• 对于运营方或驾驶员来说，应严格遵守道路交通安全法规，避免超载行为的发生，以减少不必要的法律风险和经济损失。
• 如果因超载被扣留并产生了顾客费用问题，建议与顾客进行协商解决，尽量达成和解协议以避免法律纠纷。
• 如果协商无果或顾客提出不合理要求，运营方或驾驶员可以寻求法律援助或咨询专业律师以维护自身合法权益。

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