公交客运车辆载客超过额定乘员的处罚费用，原则上应由违法超载的公交客运车辆运营单位或驾驶人承担。以下是对此问题的详细分析：
一、法律责任主体
根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关法规，公交客运车辆载客超过额定乘员，属于严重的交通违法行为。在此情况下，违法超载的公交客运车辆运营单位或驾驶人是承担法律责任和处罚费用的主体。
二、处罚费用的具体承担
罚款：
- 公交客运车辆载客超过额定乘员，将依据超载的严重程度受到不同层次的罚款。具体来说，超过额定乘员未达20%的，处二百元以上五百元以下罚款；超过额定乘员20%以上未达50%的，处五百元以上二千元以下罚款；超过额定乘员50%以上的，同样处五百元以上二千元以下罚款，但记分和可能的后续处罚会更严重。
- 这些罚款应由违法超载的公交客运车辆运营单位或驾驶人承担。
记分与驾驶证处理：
- 除了罚款外，违法超载的驾驶人还会面临驾驶证记分的处罚。记分标准依据超载的严重程度而定，从3分到12分不等。
- 若记分达到或超过12分，驾驶人需要重新参加交通安全法律、法规和相关知识考试，这也会间接增加运营单位或驾驶人的成本。
其他可能的处罚：
- 对于运输单位，如果其公交客运车辆经处罚后仍不改正超载行为，将对直接负责的主管人员处二千元以上五千元以下罚款。
- 公安机关交通管理部门还有权扣留超载车辆至违法状态消除，即需将超载的乘客转运，确保车辆乘员符合额定标准后方可放行。这也会产生额外的转运费用，原则上应由违法超载的公交客运车辆运营单位承担。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 公交客运车辆超载不仅涉及经济处罚和驾驶证记分，更关乎道路交通安全和乘客的生命财产安全。若因超载导致严重交通事故，还可能面临刑事处罚。
建议：
- 作为公交客运车辆的运营单位或驾驶人，应严格遵守相关法律法规，不超载、不超速，确保道路交通的安全和顺畅。
- 若遇到超载情况，应立即采取措施消除违法状态，如转运超载乘客等，以避免更严重的法律后果。
总结来说，公交客运车辆载客超过额定乘员的处罚费用，应由违法超载的公交客运车辆运营单位或驾驶人承担。这不仅是对违法行为的惩罚，更是对道路交通安全和乘客生命财产安全的保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。