结论：仅从工资6500元扣除一千多元社保费用这一信息本身，不能直接判定不合法，需要结合具体社保缴费基数、比例以及当地政策综合判断。

1. 社保缴费基数的影响
   社保缴费基数通常为职工上年度月平均工资，但各地会设定上下限（一般为当地社平工资的60%-300%）。若您的工资6500元高于当地下限且低于上限，则社保缴费基数应为6500元；若低于下限，则按下限计算；若高于上限，则按上限计算。
   举例：若当地社保下限为4000元，您工资6500元，则缴费基数为6500元；若下限为7000元，则缴费基数为7000元（此时您需按7000元缴费）。

2. 社保缴费比例的合规性
   社保费用由单位和个人共同承担，个人承担部分一般包括养老保险（8%）、医疗保险（2%）、失业保险（0.5%-1%），合计约10.5%左右（具体比例因地区而异）。
   计算示例：

   • 若缴费基数为6500元，个人承担比例10.5%，则每月应扣682.5元；
     
   • 若扣除一千多元，可能因缴费基数高于6500元（如按上限计算），或包含其他费用（如公积金、补充保险等）。
     需核实：单位是否将公积金、企业年金等非社保费用与社保混扣，或是否存在多扣、错扣情况。

3. 地区政策的差异
   各地社保政策不同，例如：

   • 养老保险个人比例：上海8%、北京8%、广州8%；
     
   • 医疗保险个人比例：深圳2%、杭州2%、成都2%；
     
   • 失业保险个人比例：部分地区0.3%、部分地区0.5%。
     建议：查询当地社保局公布的缴费比例，或提供所在城市进一步分析。

4. 单位是否合法操作
   单位需按实际工资申报缴费基数，不得虚报、少报。若单位故意降低缴费基数以减少支出，则涉嫌违法，您可向当地社保局投诉。
   维权途径：保留工资条、社保缴费记录等证据，通过社保局官网、12333热线或现场窗口举报。

行动建议：

1. 向单位HR索要《社保缴费明细表》，核对缴费基数、比例及金额；
   
2. 登录当地社保局官网或APP，查询个人社保缴费记录；
   
3. 若发现单位违规，可先与单位协商，协商不成可向社保局投诉或申请劳动仲裁。
   

如有其他细节（如所在城市、工资条明细等），可进一步提供，我会为您详细分析。