工程内部承包合同合法有效的情况下，甲方获得的工程款利息是否应支付给乙方，需根据合同具体约定及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先

• 若合同明确约定利息归属：根据《民法典》第五百零九条，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。若内部承包合同中明确约定工程款利息归乙方所有，甲方应依约支付。例如，合同可能规定“甲方收到的工程款及利息，扣除管理费后全额支付给乙方”，此时甲方无权截留利息。
• 若合同未约定或约定模糊：需结合法律规定及行业惯例进一步分析。

2. 法律规定与利息性质

• 利息的法律属性：工程款利息通常分为两种：
  1. 法定孳息：如工程款因延迟支付产生的利息，属于法定孳息，原则上归原权利人（即乙方）所有，除非合同另有约定。
  2. 约定利息：如双方约定工程款按一定利率计算利息，需明确利息支付对象。若合同未明确，可能推定归乙方所有，因其为实际施工方。
• 《民法典》相关规定：根据《民法典》第六百八十条，借款合同对支付利息没有约定的，视为没有利息。但工程款利息不属于借款利息，更接近“因迟延履行产生的收益”，可参照《民法典》关于孳息的规定。

3. 行业惯例与公平原则

• 行业惯例：在建设工程领域，内部承包合同中利息归属常由双方协商确定。若行业惯例支持利息归乙方（如实际施工方），且合同未排除，可能倾向于支持乙方主张。
• 公平原则：若甲方仅作为管理方，未实际投入资金或施工，截留利息可能违反公平原则。法院可能根据双方贡献、风险承担等因素，判决利息按比例分配或全额归乙方。

4. 司法实践倾向

• 类似案例：司法实践中，法院通常认为工程款利息属于施工方（乙方）的合理收益，除非甲方能证明其对利息产生有实质贡献（如垫资、担保等）。例如，若甲方仅提供资质，未参与施工管理，截留利息可能被认定为不当得利。

5. 建议与风险防范

• 对乙方：
  1. 签订合同时明确约定利息归属，避免模糊条款。
  2. 保留施工记录、资金往来凭证等证据，证明利息与自身施工行为直接相关。
• 对甲方：
  1. 若需截留利息，应在合同中明确约定管理费或利润分配方式。
  2. 避免无合同依据截留利息，否则可能面临诉讼风险。

结论：在合同合法有效且未明确约定利息归属的情况下，乙方作为实际施工方，主张工程款利息归其所有具有合理性。但最终需结合合同条款、双方贡献及司法实践综合判断。建议双方在合同中明确约定利息归属，以避免纠纷。如有具体合同条款或案情，可进一步向我咨询，我会结合细节提供更精准的分析。