结论：内部承包合同有效的情况下，工程款的归属需根据合同具体约定、承包人性质及实际施工情况综合判断，通常可能归属于承包人或发包人，特殊情况下可能涉及第三方权益。以下从不同角度详细分析：

一、合同约定优先原则

1. 明确约定归属
   若内部承包合同中明确约定工程款归承包人所有（如约定“工程款由承包人独立核算、自负盈亏”），则发包人需按合同约定向承包人支付工程款。
   示例：某建筑公司与其员工签订内部承包合同，约定“项目利润归员工所有，公司仅收取管理费”，此时工程款应归员工（承包人）所有。

2. 约定不明时的处理
   若合同未明确约定归属，需结合合同目的、行业惯例及实际履行情况推断。通常，内部承包合同以“发包人提供资质、承包人实际施工”为模式，工程款可能默认归发包人（公司），再由发包人根据内部约定向承包人分配。

二、承包人性质的影响

1. 承包人为员工（内部关系）
   若承包人是发包人的员工（如项目经理），且内部承包合同属于企业内部经营机制（如“项目承包制”），则工程款通常先归发包人（公司），再由公司按内部考核或约定向员工支付报酬。
   法律依据：根据《民法典》第788条，建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同。内部承包不改变发包人与承包人之间的法律关系本质。

2. 承包人为非员工（需区分名义与实质）

   • 名义内部承包，实质挂靠：若承包人非发包人员工，但以发包人名义施工（如借用资质），则可能被认定为挂靠关系。此时工程款虽名义上归发包人，但实际施工人（承包人）有权依据《建工解释（一）》第43条直接向发包人主张权利。
     
   • 实质内部承包：若承包人虽非员工，但与发包人存在长期合作关系（如关联企业），且合同约定了明确的权利义务，则工程款归属仍以合同约定为准。

三、实际施工情况的考量

1. 承包人独立完成施工
   若承包人自行组织施工、采购材料、支付工人工资，且发包人未实际参与管理，则工程款更可能归承包人所有（尤其挂靠情形下）。
   风险提示：若承包人未取得相应资质，合同可能因违反《建筑法》第26条被认定无效，但工程款仍需根据实际施工情况结算。

2. 发包人深度参与管理
   若发包人提供资金、材料、技术指导，并监督施工进度，则工程款可能归发包人所有，承包人仅获取劳务报酬或管理费。

四、特殊情形：第三方权益介入

1. 材料供应商、分包商主张权利
   若承包人未支付材料款或分包工程款，供应商/分包商可能依据《建工解释（一）》第43条，直接要求发包人在欠付工程款范围内承担责任。此时工程款的实际归属可能因第三方主张而部分转移。

2. 发包人破产或承包人死亡

   • 发包人破产时，工程款可能作为破产财产分配；
     
   • 承包人死亡时，工程款可能作为遗产由继承人主张（需结合内部承包合同性质判断是否属于遗产范围）。

法律建议

1. 审查合同条款：优先明确工程款归属、支付方式及违约责任，避免约定不明。
   
2. 区分内部承包与挂靠：若为挂靠，需评估法律风险（如合同无效、行政处罚），建议通过合法分包或联营模式合作。
   
3. 保留施工证据：如施工日志、采购发票、工人工资表等，以证明实际施工情况，便于主张权利。
   
4. 及时结算与对账：定期与发包人核对工程量及工程款，避免因时间推移导致证据灭失。

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