工程项目内部承包协议的效力需根据具体情况综合判断，主要包括有效和无效两种情形。以下是对此问题的详细分析：
一、有效情形
主体适格：
- 承包方必须是施工企业的内部成员，如正式员工或下属分支机构，与施工企业存在合法的劳动关系，如签订劳动合同、企业为职工缴纳社保、发放工资等。这体现了管理与被管理的隶属关系，是内部承包协议有效的基础。
企业管理与监督：
- 施工企业应对工程项目进行全面的管理，包括技术支持、质量监督、安全管理等。同时，在资金、技术、设备、人力等方面给予项目必要的支持，确保工程顺利进行。例如，企业可以设立专门的项目管理团队，对项目的进度、质量、安全等进行实时监控。
合同目的正当：
- 内部承包合同的目的应是为了提高企业的生产效率和经济效益，实现企业内部的合理分工和资源优化配置。合同内容应明确双方的权利和义务，规范施工行为，保证工程质量和安全生产。例如，合同可以约定承包方需按照企业的施工规范和质量标准进行施工，确保工程质量符合国家标准。
自主经营与自负盈亏：
- 内部承包人在施工企业的授权范围内进行自主经营，独立核算，自负盈亏。这意味着承包人对工程项目的成本、利润等负责，并接受施工企业的监督和管理。例如，承包方可以自行组织施工队伍，负责项目的具体实施，但需接受企业的定期检查和评估。
意思表示真实：
- 合同的签订必须基于双方的真实意思表示，不存在欺诈、胁迫等违法情形，确保合同的公平性和公正性。例如，双方应在平等、自愿的基础上签订合同，任何一方不得利用优势地位迫使对方接受不合理条件。
合同形式合法：
- 建筑工程内部承包合同应以书面形式订立，并确保内容的完整性和清晰性，以符合法律对合同形式的要求。书面合同有助于明确双方的权利和义务，减少纠纷的发生。
二、无效情形
主体不适格：
- 如果承包方并非施工企业的内部成员，而是不具备相应资质的个人或其他组织，实际上构成借用资质进行工程承包，违反了法律的强制性规定，合同无效。例如，个人通过挂靠企业承接工程后转签内部协议，因违反强制性规定而无效。
实质为转包或挂靠：
- 若名为内部承包，实为转包或挂靠，即施工企业没有对工程进行实质性的管理，只是收取管理费，将工程全部交给承包方施工，则合同无效。转包和挂靠行为严重扰乱了建筑市场秩序，损害了其他合法承包人的利益。
违反招投标规定：
- 对于必须进行招标而未招标或者中标无效的建设工程，基于该工程签订的内部承包合同也将被认定为无效。招投标制度是保障建筑市场公平竞争的重要手段，违反招投标规定将损害其他投标人的利益。
内容违法：
- 如果合同内容违反法律、行政法规的强制性规定，如工程质量标准低于国家规定的强制性标准，或施工安全措施不符合法律要求等，合同同样无效。违法内容不仅损害了社会公共利益，也可能对人民群众的生命财产安全造成威胁。
意思表示不真实：
- 如果合同是在不公平、不公正的情况下签订的，如一方利用优势地位迫使另一方接受不合理条件，合同可能被认定为无效或部分无效。意思表示不真实将损害合同的公平性和公正性，破坏市场秩序。
未实际履行或严重违约：
- 合同的实际履行情况也是判断其效力的一个重要方面。如果合同只是形式上存在，而实际上并未得到履行，或者履行过程中存在严重违约行为，合同的效力可能会受到影响。例如，承包方未按合同约定完成工程任务，导致工程延期或质量不达标等。
法律建议：
- 在签订工程项目内部承包协议前，双方应仔细审查合同内容，确保合同主体适格、内容合法、意思表示真实且形式合法。
- 施工企业应加强对工程项目的管理和监督，确保工程按规范施工，避免转包或挂靠等违法行为的发生。
- 如遇纠纷或疑问，建议及时向我咨询，以便更好地维护自身合法权益。
综上所述，工程项目内部承包协议的效力认定是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑多个方面的因素。在实际操作中，应严格遵循相关法律法规和司法解释的规定，结合合同的具体情况进行具体分析和判断。