工程项目部承包协议的有效性需根据具体情况判断。以下是对这一问题的详细分析：
有效的情况：
- 项目部在授权范围内签订合同：当项目部作为施工单位的临时管理机构，在企业的明确授权范围内签订承包协议，且协议内容不违反法律法规的强制性规定，主体也符合要求时，该承包协议通常是有效的。例如，企业明确授权项目部就某工程的具体施工内容签订合同，且合同条款合法合规。
- 构成表见代理：即使项目部没有明确的授权，但如果其行为构成了表见代理，即第三方有理由相信项目部有代理权，那么项目部签订的承包协议也可能被认定为有效。
无效的情况：
- 超越授权范围：若项目部超越了企业的授权范围去签订承包协议，该协议可能会被认定为无效。例如，项目部签订的协议内容超出了企业对项目部的授权范围。
- 存在法定无效情形：如恶意串通损害第三人利益、以合法形式掩盖非法目的等，这些都会导致承包协议无效。例如，项目部与其他方勾结，通过签订承包协议来损害第三方的权益。
判断方法：
- 审查授权文件：要判断承包协议的效力，首先需要审查企业对项目部的授权文件，确定项目部的签约行为是否越权。
- 审查合同条款：同时，还需要对承包协议的具体条款进行审查，确保其内容没有违反法律法规的强制性规定。
综上所述，工程项目部承包协议的有效性取决于多种因素，包括项目部的授权范围、协议内容是否合法合规以及是否存在法定无效情形等。因此，在签订承包协议前，建议双方务必明确授权范围，并确保协议内容合法合规，以避免潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。