您好，关于您提到的“停薪留职好几年了是否可以在单位办理三残补助”的问题，我需要先为您明确几个关键点，再给出详细的解答。
首先，我们需要明确“三残补助”通常指的是针对残疾人的两项补贴，即困难残疾人生活补贴和重度残疾人护理补贴。这两项补贴的发放对象主要是低保家庭中的残疾人和一二级重度残疾人，其目的是为了保障残疾人的基本民生。
接下来，针对您的情况，停薪留职并不意味着您自动获得了领取这两项补贴的资格。领取残疾人两项补贴，关键在于您是否符合补贴的发放条件，即是否为低保家庭中的残疾人或一二级重度残疾人，并且需要持有相应的残疾证明。
残疾证明：您需要持有地级（设区市）以上劳动能力鉴定机构作出的完全丧失劳动能力鉴定结论，或者相应的残疾证明，以证明您的残疾状况。
经济状况：如果您不是低保家庭中的残疾人，那么您需要是一二级重度残疾人，并且可能还需要满足其他经济状况方面的要求（具体根据当地政策而定）。
申请流程：即使您符合上述条件，也需要按照当地规定的流程进行申请。这通常包括向户籍所在地的乡镇、街道受理窗口提出申请，并提交相关证明材料。
停薪留职的影响：停薪留职本身并不直接影响您是否可以领取残疾人两项补贴。关键在于您是否符合补贴的发放条件，并且是否按照规定的流程进行了申请。
此外，我还想提醒您的是，残疾人两项补贴的申请和发放已经实现了“跨省通办”，这意味着您可以在任一乡镇、街道的受理窗口提出申请，而不需要回到户籍所在地。但是，审核审定及资金发放仍由户籍地负责。
综上所述，停薪留职好几年了并不意味着您可以直接在单位办理三残补助。您需要首先确认自己是否符合补贴的发放条件，并按照当地规定的流程进行申请。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询当地的民政部门或残联。