针对您提出的“工人受伤有工伤保险员工协议不再追究公司赔偿，协议是否有效”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、协议有效的基本条件
根据《民法典》的相关规定，一个有效的民事法律行为需要满足以下条件：
行为人具有相应的民事行为能力：即签订协议的双方（工人和公司）都应具备完全民事行为能力，能够理解和承担协议中的权利和义务。
意思表示真实：协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等导致意思表示不真实的情形。
不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：协议内容必须合法，不得违反国家法律法规的强制性规定，也不得违背社会公德和公共秩序。
二、工伤赔偿后不再追究协议的有效性
在工伤赔偿后，工人与公司签订的不再追究协议，如果满足上述基本条件，通常是有效的。具体来说：
双方真实意思表示：如果协议是双方在平等、自愿的基础上签订的，且双方都明确理解了协议的内容和后果，那么该协议就是双方真实意思的表示。
内容合法：协议内容不得违反国家法律法规的强制性规定，例如不得约定免除公司应承担的法定赔偿责任等。
无欺诈、胁迫等情形：如果协议签订过程中不存在欺诈、胁迫等导致意思表示不真实的情形，那么该协议就是有效的。
三、可能影响协议效力的情形
虽然一般情况下工伤赔偿后不再追究协议是有效的，但也存在一些可能影响协议效力的情形，例如：
重大误解：如果工人对协议内容存在重大误解，例如对赔偿金额、赔偿范围等理解错误，那么该协议可能因重大误解而被撤销。
显失公平：如果协议约定的赔偿金额明显低于法定应得赔偿，或者公司利用优势地位迫使工人接受不公平的协议条件，那么该协议可能因显失公平而被撤销。
欺诈、胁迫：如果协议签订过程中存在欺诈、胁迫等情形，导致工人意思表示不真实，那么该协议就是无效的。
四、建议与注意事项
明确协议内容：在签订协议前，双方应明确协议的内容、赔偿金额、支付方式等关键条款，确保协议内容清晰、明确。
核实工伤认定情况：只有经法定程序认定为工伤，协议才具有合法性。因此，在签订协议前，应核实工伤认定情况。
咨询专业人士：如果对协议内容或法律效力存在疑问，建议咨询专业律师或法律顾问，以确保自身权益得到保障。
综上所述，工人受伤有工伤保险后签订的员工协议不再追究公司赔偿，在一般情况下是有效的，但前提是协议必须满足民事法律行为的有效条件，且不存在可能影响协议效力的情形。