基层医院编外人员与在编人员学历不同但干一样的活，同工不同酬的情况确实不合理，且可能违反法律规定。以下从法律角度进行详细分析：
一、同工同酬的法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第四十六条：“工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。”这里的“同工同酬”指的是在相同的工作岗位上，付出相同的劳动量，取得相同的劳动业绩时，应获得相同的劳动报酬。它并不完全取决于学历，而是更侧重于工作性质、工作量、工作质量等实际劳动贡献因素。
二、编外人员与在编人员同工不同酬的合理性分析
学历差异不是同工不同酬的合理理由：
- 学历虽然在一定程度上反映了员工的知识水平和学习能力，但并不能直接决定其工作能力和实际劳动贡献。在相同的工作岗位上，如果编外人员和在编人员从事着相同的工作，付出着相同的劳动量，并取得了相同的劳动业绩，那么他们应当获得相同的劳动报酬，无论学历高低。
编外人员与在编人员的身份差异不构成同工不同酬的合法依据：
- 编外人员与在编人员之间的身份差异（如编制内、编制外）并不构成同工不同酬的合法依据。根据法律规定，所有劳动者都应享有平等的劳动权利和获得相应劳动报酬的权利。医院不能因员工的身份差异而给予不同的薪酬待遇。
三、编外人员如何维护自身权益
与医院协商：
- 编外人员可以首先尝试与医院进行协商，表达自己对同工同酬的诉求，并寻求合理的解决方案。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，编外人员可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其对医院的薪酬制度进行调查，并纠正不合理的薪酬差异。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 在必要时，编外人员还可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
四、医院应如何改进
建立公平的薪酬制度：
- 医院应建立基于工作性质、工作量、工作质量等实际劳动贡献因素的薪酬制度，确保编外人员和在编人员在相同的工作岗位上能够获得相同的劳动报酬。
加强内部管理：
- 医院应加强内部管理，消除对编外人员的歧视性待遇，营造公平、公正的工作环境。
积极响应政策号召：
- 随着社会对公平就业的关注度不断提高，以及国家相关政策的逐步推进，医院应积极响应政策号召，逐步淡化编制所带来的差异，实现真正的同工同酬。
最后需要强调的是，同工同酬是劳动者的基本权利，也是构建和谐劳动关系的重要基础。基层医院作为用人单位，应当严格遵守相关法律法规，确保编外人员和在编人员在相同的工作岗位上能够获得相同的劳动报酬。如果遇到相关法律问题，可以直接向我咨询。