在探讨合同赔偿是按基本工资还是实际工资来计算的问题时，我们首先要明确的是，赔偿或经济补偿的计算通常基于应发工资，而非仅仅局限于合同中约定的基本工资或实发工资。不过，具体还需根据赔偿情形和相关法律规定来确定。
一、法律依据与一般原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿是按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准来计算的。这里的“月工资”明确指的是劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，且这个工资是应发工资，它包括了基本工资、绩效工资、奖金、津贴等所有货币性收入。
二、不同情形的具体分析
经济补偿金与赔偿金：
- 在涉及劳动关系解除或终止时，经济补偿金和赔偿金（用人单位违法解除或终止劳动合同时的二倍经济补偿金）都是按劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的应发工资的平均值来计算的。
- 如果劳动者的月平均工资低于当地最低工资标准，那么会按照最低工资标准来计算。
工伤赔偿：
- 在工伤赔偿中，“本人工资”指的是工伤职工因工作遭受事故伤害或患职业病前12个月的平均月缴费工资。但通常情况下，如果缴费工资与实际工资不一致，会按照实际工资（即应发工资）来计算，不过这里也有上限和下限的规定。
特殊情况：
- 在某些特殊情况下，如果实际工资难以确定，可能会参照合同工资来计算，但这种情况相对较少见。
- 如果双方在合同中明确约定了以合同工资作为赔偿的计算标准，并且这个约定不违反法律法规的强制性规定，那么也可以按照合同工资来计算。
- 另外，如果劳动者的月工资高于当地职工月平均工资的三倍，那么经济补偿金的标准会按照职工月平均工资的三倍来支付，并且支付年限最高不超过十二年。
三、实际操作建议
- 在计算经济补偿金或赔偿金时，一定要确保使用的是应发工资，也就是包含所有货币性收入的总额。
- 劳动者应该了解自己的权益，确保在面临劳动合同解除或终止时，能够获得与其实际贡献和应得收入相符的经济补偿。
- 用人单位在处理相关事宜时，也应该仔细审查法律规定和合同条款，确保不侵犯劳动者的合法权益。
综上所述，赔偿或经济补偿的计算主要基于应发工资，但在特定情形下也可能考虑实际工资或合同工资。因此，在处理相关事宜时，务必根据具体情况和法律规定来做出判断。