结论：工资基数的确定需结合具体情境，在多数法律情境下，特别是涉及社保缴费、经济补偿、加班工资计算时，一般指的是应发工资（即劳动合同中约定的或实际发放的包含基本工资、奖金、津贴等在内的全部工资报酬），而非仅指劳动合同中约定的基本工资或某一固定部分。不过，具体以何为基数，还需根据劳动合同的具体约定以及当地的相关规定来确定。
详细分析：
劳动合同中的工资约定：
- 劳动合同中通常会明确约定劳动者的工资构成，包括基本工资、绩效奖金、津贴、补贴等。这些约定是确定工资基数的重要依据。
- 如果劳动合同中明确约定了工资基数为实际工资（即应发工资），那么在实际操作中，就应以该约定为准。
社保缴费基数：
- 社保缴费基数通常依据职工上一年度月平均应发工资确定。这是为了准确反映职工的收入水平，保障其在养老、医疗等方面的权益。
- 例如，若职工上年每月应发工资为5000元，则此金额通常作为社保缴费的基数。
经济补偿计算基数：
- 根据《劳动合同法》的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的月工资指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均应发工资。
- 如劳动者甲解除合同前十二月应发工资总和除以12得出的月平均应发工资，即为经济补偿的计算基数。
加班工资计算基数：
- 加班工资一般以应发工资为基数计算。若劳动合同中有明确约定且不低于最低工资标准，则按约定执行；若无约定，则以正常工作时间的应发工资为准。
- 例如，劳动者乙正常工作时间应发工资为6000元，则其休息日加班工资将以此为基础计算。
实际操作中的注意事项：
- 在确定工资基数时，应仔细审查劳动合同、公司规章制度及当地劳动法规定，确保准确适用。
- 如果劳动合同中的约定与当地规定存在冲突或不明确之处，建议及时与用人单位沟通协商，或向当地劳动部门咨询以获取准确指导。
建议：
- 为了避免因工资基数问题产生纠纷，建议劳动者在签订劳动合同时，务必明确约定工资构成及计算方式，包括基本工资、绩效奖金、津贴、补贴等各部分的数额或计算方法。
- 同时，劳动者也应保留好与工资相关的证据材料，如工资条、银行转账记录等，以便在需要时能够证明自己的实际工资水平。
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