结论前置：补偿金的计算基数通常是按照应发工资来确定，而非实发工资。这一规定旨在全面反映劳动者的劳动报酬情况，确保劳动者在解除或终止劳动合同时获得公平合理的补偿。以下是对此问题的详细阐述：
一、应发工资与实发工资的定义及区别
- 应发工资：指劳动者在提供了正常劳动情况下，用人单位应当支付给劳动者的全部工资报酬，包括岗位工资、薪级工资、绩效工资、奖励金、加班工资等各项收入的总和。它全面反映了劳动者的劳动报酬情况。
- 实发工资：则是劳动者在扣除相关税费（如个人所得税）、社会保险费（如五险一金）等之后实际到手的薪资。它通常低于应发工资，因为扣除了各项费用。
二、补偿金计算的一般原则
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条及其实施条例第二十七条的规定，经济补偿（补偿金常以经济补偿标准为基础计算）是按劳动者在本单位工作的年限来计算的，每满一年支付一个月工资的标准。这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 计算标准：上述月工资的计算应基于劳动者应得工资，即应发工资，包括计时工资或计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入在内的总额。这意味着补偿金的计算是基于应发工资，而非实发工资。
三、具体应用场景分析
- 经济补偿：如劳动者小李月应发工资为8000元，工作3年后被裁员，经济补偿应为8000×3=24000元。这里就是按照应发工资来计算的。
- 工伤赔偿中的停工留薪期工资：工伤职工在治疗期间，原工资福利待遇不变，这里的“原工资”也是指应发工资，即工伤职工在受伤前应获得的全部工资报酬。
- 特殊情况：如果劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这种情况下，虽然有一个上限限制，但计算基数仍然是基于应发工资。
四、注意事项
- 不计入补偿金基数的收入：劳动保护费用（如工作服、解毒剂、清凉饮料费用等）以及未列入工资总额的各种劳动报酬及其他劳动收入（如创造发明奖、国家星火奖、自然科学奖、科学技术进步奖等奖励，以及稿费、讲课费、翻译费等）通常不计入补偿金的计算基数。
- 地方性法规或政策：在某些情况下，如劳动合同有特别约定或地方性法规、政策有专门规定，可能对补偿金的计算基数有特殊规定。因此，在处理具体案件时，应仔细审查相关法律法规和事实情况。
总结与建议：补偿金的计算基数通常是按照应发工资来确定，以确保劳动者在解除或终止劳动合同时获得公平合理的补偿。在实际操作中，用人单位和劳动者均应遵循相关规定，确保补偿金的合理计算和支付。如果您在补偿金计算方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。