事业单位因职工迟到扣钱，在符合以下条件时是合法的：1）有合法有效的规章制度支撑；2）扣罚不违反法律强制性规定，如扣后工资不得低于最低工资标准；3）扣罚行为公平、公正、合理。若不符合这些条件，则扣钱行为可能不合法。以下是对此问题的详细分析：
合法情况分析
有合法有效的规章制度支撑
- 事业单位需制定明确的规章制度，详细规定迟到行为及相应的扣钱标准。规章制度的制定和通过必须遵循法定程序，如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向全体职工公示或告知。根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条，合法制定的规章制度可作为确定双方权利义务的依据。
- 举例：某事业单位制定了《员工考勤管理制度》，其中明确规定了迟到一次扣款50元，且该制度经过了职工代表大会讨论通过，并向全体员工进行了公示。在此情况下，因员工迟到而扣款是合法的。
扣罚不违反法律强制性规定
- 扣除的工资数额应与迟到造成的影响相匹配，不能过高，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这是保障员工基本生活权益的底线。
- 举例：若当地最低工资标准为2000元/月，员工因迟到被扣除的工资后，剩余工资不得低于2000元。若扣除过多导致剩余工资低于此标准，则扣款行为不合法。
扣罚行为的公平、公正、合理性
- 扣罚应当与职工的迟到行为及其严重程度相匹配，不能随意设定过高的罚款金额或采取其他不合理的惩罚措施。确保扣罚过程的透明性和公开性，让职工能够清楚地了解自己的迟到行为所带来的后果。
- 举例：若员工因不可抗力因素（如交通堵塞）导致迟到几分钟，且该情况非员工主观故意，事业单位在扣款时应考虑此因素，避免过度扣款。
不合法情况分析
无规章制度或制度不合法
- 若事业单位没有关于迟到扣钱的相关规章制度，或制度未经合法程序制定，未向员工公示，则扣钱行为不合法。领导随意口头决定扣钱，无任何书面制度依据，也属违法行为。
- 举例：某事业单位未制定任何关于迟到扣款的规章制度，但领导因个人喜好或情绪对迟到员工进行扣款，此行为不合法。
扣钱数额不合理
- 若扣除的工资数额严重超出合理范围，损害了员工的基本权益，则扣钱行为同样不合法。例如，因一次迟到扣除当月全部工资，显然不合理且不合法。
员工权益保护建议
若事业单位职工认为单位扣钱的行为不合法，可采取以下措施维护自己的合法权益：
- 沟通协商：首先与单位进行沟通协商，要求单位说明扣钱的依据和理由。
- 向上级反映：若协商不成，可向事业单位的上级主管部门反映情况，寻求帮助。
- 法律途径：若上述方式均无法解决问题，可通过申请劳动人事争议仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。
综上所述，事业单位因职工迟到扣钱的行为是否合法，需根据具体情况而定。只有满足所有合法条件时，扣钱行为才被视为合法。员工在面对此类问题时，应了解自己的权益，并采取适当措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。