事业单位因员工迟到扣工资的行为是否合法，需根据具体情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情况分析
有明确且合法的规章制度：
- 事业单位需制定明确的规章制度，其中应详细规定迟到行为及相应的扣工资标准。这一制度必须经过法定程序制定，如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向全体职工公示或告知。
- 根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条，合法制定的规章制度可作为确定双方权利义务的依据。这意味着，如果规章制度合法且员工已知晓，那么因迟到扣工资的行为在制度层面是合法的。
扣工资额度合理：
- 扣除的工资数额应与迟到造成的影响相匹配，不能过高。例如，因一次迟到扣除当月全部工资显然是不合理的。
- 扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准，这是保障员工基本生活权益的底线。如果扣除后的工资低于这一标准，那么扣工资的行为就是违法的。
员工已知晓并同意该制度：
- 员工在入职时或规章制度制定后，应被明确告知相关扣工资的规定。这是确保员工权益的重要步骤，也是扣工资行为合法性的重要前提。
- 如果员工对规章制度不了解或不同意，那么因迟到扣工资的行为就可能缺乏合法性基础。
不合法情况分析
无规章制度或制度不合法：
- 若事业单位没有关于迟到扣工资的相关规章制度，或制度未经合法程序制定，未向员工公示，则扣工资行为不合法。
- 领导随意口头决定扣工资，无任何书面制度依据，也属违法行为。这种情况下，员工有权拒绝扣工资，并可以向相关部门投诉。
扣工资额度过高：
- 如前所述，若扣除的工资数额严重超出合理范围，损害了员工的基本权益，则扣工资行为同样不合法。
- 例如，因一次迟到扣除当月全部工资或大部分工资，显然是不合理且不合法的。
员工权益保护建议
若事业单位职工认为单位扣工资的行为不合法，可采取以下措施维护自己的合法权益：
- 沟通协商：首先与单位进行沟通协商，要求单位说明扣工资的依据和理由。这是解决问题的第一步，也是最直接的方式。
- 向上级反映：若协商不成，可向事业单位的上级主管部门反映情况，寻求帮助。上级主管部门可能会介入调查，并给出相应的处理意见。
- 法律途径：若上述方式均无法解决问题，可通过申请劳动人事争议仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。劳动人事争议仲裁委员会将依法进行裁决，保障员工的合法权益。
总结来说，事业单位因员工迟到扣工资的行为是否合法，需根据规章制度是否合法、扣工资额度是否合理以及员工是否知晓并同意该制度等因素综合判断。员工在面对此类问题时，应了解自己的权益，并采取适当措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。