事业单位因员工迟到而扣工资的行为，其合法性并非一概而论，而是需要依据多个条件来综合判断。以下是对此问题的详细解答：
合法扣工资的条件
有明确且合法的规章制度：
- 事业单位必须制定明确的规章制度，其中应详细规定迟到行为及其相应的扣工资标准。
- 这些规章制度的制定和通过必须遵循法定程序，例如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 规章制度必须向全体职工公示或告知，确保员工在入职时或规章制度制定后能够明确知晓。
扣工资额度合理：
- 扣除的工资数额应与迟到造成的影响相匹配，不能过高或过低。
- 扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准，这是保障员工基本生活权益的重要底线。
员工已知晓并同意该制度：
- 员工在入职时或规章制度制定后，应被明确告知相关扣工资的规定。
- 员工对规章制度的理解和同意是扣工资行为合法性的重要前提，可以通过签字确认或其他方式留存证据。
不合法扣工资的情况
无规章制度或制度不合法：
- 若事业单位没有关于迟到扣工资的相关规章制度，或制度未经合法程序制定、未向员工公示，则扣工资行为不合法。
- 领导随意口头决定扣工资，无任何书面制度依据，也属于违法行为。
扣工资额度过高：
- 若扣除的工资数额严重超出合理范围，损害了员工的基本权益，则扣工资行为同样不合法。
- 例如，因一次迟到扣除当月全部工资或大部分工资，显然是不合理且不合法的。
违反法律强制性规定：
- 扣工资后的工资不得低于当地最低工资标准，否则将违反法律规定。
员工权益保护建议
若您认为事业单位扣工资的行为不合法，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
沟通协商：首先与单位进行沟通协商，要求单位说明扣工资的依据和理由，并尝试达成和解。
向上级反映：若协商不成，可以向事业单位的上级主管部门反映情况，寻求帮助和支持。
法律途径：若上述方式均无法解决问题，您可以通过申请劳动人事争议仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。在申请仲裁时，请确保提供充分的证据来支持自己的主张。
综上所述，事业单位因员工迟到扣工资的行为是否合法，需根据具体情况而定。只有满足所有合法条件时，扣工资行为才被视为合法。作为员工，您应了解自己的权益，并在面对此类问题时采取适当措施进行维权。