结论前置：迟到是否可以扣工资，并非绝对，而是取决于用人单位的规章制度是否合法、合理，以及劳动合同中是否有明确约定。在符合法律法规和合同约定的情况下，用人单位可以依法扣除员工的工资，但必须确保扣款方式、金额合理合法。
一、合法扣除工资的情况
规章制度明确规定：
- 用人单位依法制定的规章制度中，必须明确将迟到行为与工资扣除挂钩，并详细规定扣减办法。例如，规定每月迟到一定次数后，每次扣除一定金额的工资。
- 该规章制度需通过民主程序制定，如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并已向劳动者公示或告知。只有满足这些条件的规章制度，才能作为扣工资的依据。
劳动合同有相关约定：
- 劳动合同中应包含关于迟到与工资关系的明确条款。例如，写明“若劳动者每月迟到累计达到X次，用人单位有权按照一定比例扣减工资”。
- 该条款不得违反法律法规的强制性规定，且应确保劳动者在签订合同时已知晓并同意。
扣除幅度合理：
- 即使规章制度或劳动合同中有相关规定，扣减工资的幅度也必须合理，不得损害劳动者的基本权益。
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
二、不合法扣除工资的情况
规章制度不合法：
- 若用人单位的规章制度未经民主程序制定，或未向劳动者公示告知，则该规章制度对劳动者不具有约束力。例如，公司新出台迟到扣工资的规定，但未经过职工大会讨论或公示，则此规定无效。
无相关约定或规定：
- 如果规章制度或劳动合同中未明确规定迟到可以扣工资，则用人单位不得随意扣除。在这种情况下，劳动者有权拒绝用人单位的扣款要求。
扣除幅度不合理：
- 即使规章制度或劳动合同中有规定，但如果扣减幅度明显不合理，如迟到一次就扣掉当月大部分工资，这种过度的扣减可能被认定为不合法。劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
三、特殊情况与注意事项
不可抗力因素：
- 对于不可抗力因素导致的迟到，如自然灾害、交通事故等，公司一般不应扣工资。在这种情况下，劳动者应及时向用人单位说明情况，并提供相关证明。
首次迟到与情节轻微：
- 对于首次迟到且情节轻微的情况，公司可以考虑给予警告、提醒等人性化处理方式，而不是直接扣工资。这有助于维护员工的积极性和工作满意度。
员工维权途径：
- 如果劳动者认为用人单位的扣款行为不合法或未按规定程序制定规章制度，有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在维权过程中，劳动者应保留好相关证据，如工资条、规章制度、劳动合同等。
四、综合建议
- 用人单位：在制定相关规章制度时，必须确保内容合法、程序正当，并充分尊重员工的合法权益。同时，应明确告知员工扣款的规定和依据，避免产生不必要的纠纷。
- 劳动者：应了解自己的权益和义务，在签订劳动合同时仔细阅读条款内容。在遇到不合法的扣款行为时，及时与用人单位沟通协商或寻求法律援助来维护自己的合法权益。
总之，迟到扣工资并非绝对合法或非法，而是取决于多种因素的综合考量。作为劳动者或用人单位，都应了解并遵守相关法律法规和规章制度，以确保劳动关系的和谐稳定。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。