核心结论：综合工时制下，一天未出勤的工资扣除需分情况讨论，具体计算方式需结合劳动合同约定、企业规章制度及地方性法规综合判断。以下是分情况说明：

1. 劳动合同或规章制度有明确约定

• 若劳动合同或企业依法制定的规章制度中明确规定了“综合工时制下未出勤的工资扣除标准”（如按日工资比例扣除、固定金额扣除等），且该约定不违反法律强制性规定（如不低于最低工资标准），则企业可按约定执行。
• 示例：若日工资为300元，合同约定“未出勤按日工资100%扣除”，则当日扣除300元；若约定“按50%扣除”，则扣除150元。

2. 无明确约定，但符合地方性法规

• 若合同或制度无约定，但地方性法规（如省级政府发布的工资支付规定）对综合工时制下的缺勤扣款有具体规则，企业需遵循地方规定。
• 示例：某省规定“综合工时制员工缺勤，按实际缺勤小时占周期内应出勤小时的比例扣除工资”，则需计算缺勤小时数与周期总工时的比例，再乘以月工资总额。

3. 无约定且无法规依据时的处理原则

• 若既无合同约定也无地方性法规，企业扣款需遵循“公平合理”原则，且不得突破以下底线：
  • 最低工资保障：扣除后当月实发工资不得低于当地最低工资标准；
  • 实际工作关联：扣款应与缺勤直接相关，不得扩大至其他福利或奖金；
  • 程序合法：企业需通过民主程序制定规章制度（如职工代表大会讨论），并公示告知员工。

4. 特殊情形：法定休假或企业福利假

• 若未出勤属于法定休假（如年假、病假、婚假等）或企业批准的福利假，企业通常不得扣减工资，反而需按法定标准支付（如病假工资不低于最低工资的80%）。

操作建议

1. 核查依据：先查看劳动合同、企业规章制度及地方工资支付规定，确认扣款是否有合法依据；
2. 计算核对：若企业扣款，要求其提供具体计算方式及依据，核对是否符合上述规则；
3. 协商或投诉：如认为扣款不合理，可与企业协商，或向当地劳动监察部门投诉（如拨打12333）。

提示：综合工时制的工资计算本身较复杂，涉及周期内总工时与法定标准的对比。若企业扣款引发争议，建议结合具体考勤记录、工资条等证据，进一步分析是否合法。如有疑问，可直接向我提供更多细节（如地区、合同条款等），我会为您详细解答。