结论：在甲方已经结清乙方款项，但乙方不结工资的情况下，甲方通常没有直接责任，但具体责任归属需根据合同条款、实际履行情况及法律规定综合判断。
一、合同关系与责任划分
合同相对性原则：
- 根据合同法的相关规定，合同具有相对性，即合同关系只能发生在特定的合同当事人之间。在本案例中，若甲方与乙方之间存在明确的合同关系，且甲方已按照合同约定结清了乙方的款项，那么甲方在合同层面的义务已经履行完毕。
- 若乙方未结清其员工的工资，这通常属于乙方与其员工之间的劳动合同关系范畴，与甲方无直接关联。
合同条款的具体约定：
- 审查甲方与乙方之间的合同条款，特别是关于款项支付、违约责任等关键条款。若合同中明确规定了乙方在收到款项后需负责结清其员工工资，且乙方未履行该义务，则乙方构成违约。但此违约行为并不直接导致甲方承担责任，除非合同中有特别约定。
二、实际履行情况与证据收集
甲方结清款项的证据：
- 甲方应保留好结清乙方款项的相关证据，如转账记录、收据、结算单等。这些证据将有助于证明甲方已履行合同义务，避免在后续争议中承担不必要的责任。
乙方未结工资的情况：
- 若乙方未结清其员工工资，甲方可以要求乙方提供相关证据，如工资发放记录、员工名单等。若乙方无法提供或拒绝提供，甲方可以据此认为乙方存在违约行为，但并不意味着甲方需承担责任。
三、法律规定与责任承担
劳动法的相关规定：
- 根据劳动法的相关规定，用人单位（即乙方）有义务按时足额支付劳动者的工资。若乙方未履行该义务，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求乙方支付工资及可能的赔偿金。
- 在此过程中，甲方作为与乙方存在合同关系的第三方，通常不被视为劳动争议的当事人，因此不承担直接责任。
特殊情况下的责任承担：
- 若存在特殊情况，如甲方与乙方之间的合同中明确约定了甲方对乙方员工工资的支付义务（这种情况较为罕见且通常不符合商业惯例），或者甲方在明知乙方未结清工资的情况下仍继续与其合作并支付款项（可能构成共同侵权或帮助侵权），则甲方可能需承担一定的责任。但这种情况需要具体的证据支持，且通常不属于常规的法律责任范畴。
四、建议与措施
对于甲方：
- 保留好与乙方之间的合同及结清款项的相关证据。
- 若乙方未结清其员工工资且引发争议，甲方可以积极配合相关部门的调查，但无需主动承担责任。
- 若担心潜在的法律风险，甲方可以在合同中增加相关条款，明确乙方在收到款项后需负责结清其员工工资，并约定违约责任。
对于乙方员工：
- 若乙方未结清工资，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求乙方支付工资及赔偿金。
- 在此过程中，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，以更好地维护自己的合法权益。
有问题可以直接向我咨询，作为专业律师，我将根据您的具体情况提供更详细的法律建议。