发货超时赔付消费者3元的责任主体，需根据合同具体条款及实际情况来确定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同有明确约定时：

   • 若货物买卖合同中明确规定了发货超时的赔付责任主体（如卖家或第三方物流），则应按照合同约定执行。例如，合同中可能规定“若卖家未在约定时间内发货，需向买家赔付3元”，在此情况下，赔付责任由卖家承担。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。因此，合同中的明确约定是判断赔付责任的重要依据。

2. 合同无明确约定时：

   • 若合同未明确规定发货超时的赔付责任主体，则需根据交易习惯、行业惯例或公平原则来判断。通常情况下，发货超时导致的赔付责任会由卖家承担，因为卖家是货物的提供者，有义务按照约定时间发货。
   • 特殊情况：如果发货超时是由于第三方物流的原因造成的，且卖家在合同中未明确承担此类风险，那么卖家在向消费者赔付后，有权向第三方物流追偿。但这一过程需要卖家与物流方之间有相应的合同或协议作为依据。

3. 实际操作中的建议：

   • 查看合同条款：消费者在遇到发货超时问题时，首先应查看货物买卖合同中的相关条款，了解赔付责任的具体约定。
   • 与卖家协商：若合同无明确约定或约定不明确，消费者可以与卖家进行协商，寻求合理的解决方案。
   • 寻求法律援助：若协商无果，消费者可以寻求法律援助或向相关消费者权益保护机构投诉，以维护自己的合法权益。

总结来说，发货超时赔付消费者3元的责任主体，主要取决于货物买卖合同中的具体约定。在合同有明确约定的情况下，应按照约定执行；在合同无明确约定的情况下，则需根据交易习惯、行业惯例或公平原则来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。