商家赔付超时的赔偿方式需根据具体场景及合同约定确定，常见赔偿方式如下：

1. 合同有明确约定时
   若商家与消费者签订的合同中明确约定了超时赔付条款（如“逾期交付商品，按订单金额的5%/日支付违约金”），则商家需按合同约定履行赔偿义务。

   • 法律依据：根据《民法典》第577条，当事人一方不履行合同义务或履行不符合约定的，应承担继续履行、采取补救措施或赔偿损失等违约责任。
     
   • 例外情形：若违约金过高（超过实际损失的30%），商家可依据《民法典》第585条请求法院或仲裁机构调整。

2. 合同无约定但法律有规定时
   若合同未约定赔付标准，但法律对特定场景下的超时赔偿有强制性规定（如快递服务、网络购物平台规则），则商家需按法律规定赔偿。

   • 示例：
     
     • 快递服务：根据《快递暂行条例》第27条，快件延误、丢失、损毁的，寄件人或收件人有权要求赔偿；若未保价，按民事法律有关规定确定赔偿责任（通常为运费3倍）。
       
     • 网络购物：部分平台规则要求商家超时发货需向消费者支付订单金额一定比例的赔付金（如淘宝平台规则中的“延迟发货赔付”）。

3. 合同与法律均无约定时
   若既无合同约定也无法律规定，商家仍需承担因超时给消费者造成的实际损失（如因商品未按时交付导致的额外费用、机会成本等）。

   • 举证责任：消费者需提供证据证明实际损失（如差旅费、误工费等），商家可主张损失不合理部分不予赔偿。
     
   • 赔偿范围：以“可预见性”为原则，即商家在订立合同时应预见到因违约可能造成的损失。

建议：若您遇到商家超时赔付问题，可先核查合同条款或平台规则，保留相关证据（如订单记录、沟通记录、损失凭证等），并通过协商、投诉或诉讼途径主张权利。如有具体纠纷，可向我进一步说明细节，我将为您分析赔偿方案。