结论：三方协议合同工仅交三险是否合法需分情况判断，关键在于是否符合社会保险法的强制性规定及地方性政策要求。以下从法律强制性、地方政策差异、协议效力三个角度展开分析：

1. 法律强制性：用人单位必须缴纳“五险”

根据《社会保险法》第五十八条、第六十条，用人单位自用工之日起30日内必须为员工办理社保登记，强制缴纳养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险（即“五险”），且不得通过协议免除法定责任。

• 若三方协议明确排除工伤、生育保险：即使员工签字同意，该条款因违反法律强制性规定而无效，用人单位仍需补缴，否则可能面临劳动监察部门处罚（如《社会保险法》第八十六条规定的欠缴罚款）。
  
• 若仅未缴纳失业保险：部分地区可能允许非全日制员工或特定灵活用工形式不缴纳失业保险，但需以地方政策为准，且不得排除工伤、生育保险。

2. 地方政策差异：部分地区允许“三险”的例外情形

部分省份（如浙江、广东）对小微企业或非全日制员工有特殊政策，允许仅缴纳养老、医疗、失业保险（即“三险”），但需满足以下条件：

• 员工类型：通常限于非全日制、临时工或特定行业（如建筑业农民工）；
  
• 地方文件依据：需以省级人社部门发布的规范性文件为准（如《浙江省社会保险费征缴办法》）；
  
• 协议效力：即使地方允许，三方协议也需明确约定“三险”范围，且不得排除工伤、生育保险的法定责任。

3. 三方协议效力：员工同意≠合法

即使三方协议（学校、用人单位、学生）中约定仅缴纳“三险”，该条款因违反《社会保险法》的强制性规定而无效。员工事后不得以“自愿放弃”为由主张权利，用人单位仍需补缴差额部分。

• 例外情形：若员工为退休返聘人员、在校实习生等非劳动关系主体，则不适用社保缴纳规定，但需通过劳务协议明确权利义务。

实务建议

1. 核查地方政策：登录当地人社局官网查询最新社保征缴规定，确认是否允许“三险”缴纳；
   
2. 审查协议条款：若协议排除工伤、生育保险，可要求用人单位修改或向劳动监察部门投诉；
   
3. 保留证据：保存工资条、社保缴费记录、三方协议等材料，以备维权使用。
   

如有进一步疑问（如具体地区政策、协议修改等），可直接向我咨询。