在物流行业上班时，是否停休（即是否实行不定时工作制或特殊工时制度）是否合法，这主要取决于公司是否获得了相关人力资源和社会保障部门的批准，并且是否严格按照批准的内容执行。
首先，从您提供的参考信息中，我们可以看到晋江市人力资源和社会保障局和重庆市巴南区人力资源和社会保障局都分别对福建德邦物流有限公司和重庆名实物流有限责任公司实行不定时工作制或特殊工时制度进行了批复。这些批复明确指出了哪些岗位可以实行不定时工作制，实行的时间范围，以及公司在实行这些制度时需要遵守的规定，如确保职工的休息休假权利、支付加班费等。
对于物流行业来说，由于工作性质的特殊性（如货物运输、装卸等），部分岗位可能确实需要实行不定时工作制或特殊工时制度。但是，这并不意味着公司可以随意停休或剥夺员工的休息权。公司必须获得相关部门的批准，并且严格按照批准的内容执行，包括但不限于：
明确实行不定时工作制或特殊工时制度的岗位和人员范围：不能擅自扩大范围，必须确保只有符合条件的岗位和人员才能实行这些制度。
保障职工的休息休假权利：即使实行不定时工作制或特殊工时制度，公司也必须确保职工有足够的休息时间，如每周至少有一天休息时间，一年周期内工作时间不超过国家规定标准工作时间等。
支付加班费：如果职工在法定休假日或超过法定工作时间工作，公司必须按照《劳动法》的规定支付加班费。
公示和告知：公司必须将批复文书及实行不定时工作制或特殊工时制度的工种及人员花名册在公司经营场所的显要位置公示，并告知职工。
因此，如果物流公司获得了相关部门的批准，并且严格按照批准的内容执行不定时工作制或特殊工时制度，那么停休（在特定岗位和时间内）是合法的。但是，如果公司没有获得批准或违反了批准的内容，那么停休就是不合法的，员工有权向相关部门投诉并维护自己的合法权益。
最后，建议您在遇到类似问题时，先查看公司是否获得了相关部门的批准，并了解批准的具体内容。如果公司没有获得批准或违反了批准的内容，您可以向当地的人力资源和社会保障部门投诉并寻求帮助。