员工可以自行前往依法承担职业病诊断的医疗卫生机构进行职业病诊断，并通过法律途径维护自己的合法权益。

一. 进行职业病诊断

1. 选择诊断机构：根据《中华人民共和国职业病防治法》第四十四条，员工可以在用人单位所在地、本人户籍所在地或者经常居住地，选择依法承担职业病诊断的医疗卫生机构进行职业病诊断。这是员工维护自己权益的第一步，也是后续法律程序的重要依据。

二. 处理公司不承认的情况

1. 协商与调解：若公司不承认员工的职业病诊断结果，员工可以首先尝试与公司进行协商，或者请工会或第三方共同与公司协商，以达成和解协议。这依据于《中华人民共和国劳动法》第七十七条以及《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第四条的规定。
2. 申请仲裁或诉讼：如果协商无果，员工可以根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者直接向人民法院提起诉讼。在此过程中，员工需要提供自己患有职业病的证据，如职业病诊断书等。

三. 举证责任

1. 提供证据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条，员工对自己提出的主张，有责任提供证据。如果与职业病诊断有关的证据属于公司掌握管理的，公司应当提供；如果公司不提供，将承担不利后果。

四. 后续医疗期与待遇

1. 医疗期计算：一旦职业病被确认，员工可以根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定（1994年版）》第四条，享受相应的医疗期。医疗期的长短根据员工的实际工作年限和在本单位工作年限来确定，并按照规定计算累计病休时间。

我建议，员工在确诊职业病后，应及时与公司沟通，并保留好所有相关的医疗证明和诊断书。如果公司不承认或拒绝承担责任，员工应勇敢地通过法律途径来维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。