结论前置：公积金基数调高但工资被扣，是否合法需根据具体情况判断。一般情况下，公积金缴存基数应与实际工资水平相符，若因合理原因（如上一年度收入较高）导致公积金基数高于当前工资，则合法；若单位故意虚报高缴存基数以规避法律或谋取不当利益，则不合法。

详细分析：

1. 一般情况下的规定：

   • 根据《住房公积金管理条例》，职工住房公积金的月缴存额应为职工本人上一年度月平均工资乘以职工住房公积金缴存比例。这意味着，公积金的缴存基数原则上应与职工的实际工资水平一致。
   • 如果单位为了某种目的（如让职工多提取公积金用于非规定用途），故意虚报高缴存基数，而职工的实际工资并未达到该水平，这种行为是违法的。它扰乱了公积金管理秩序，损害了公积金制度的公平性和严肃性。

2. 特殊情况下的合理性：

   • 在某些特殊情况下，公积金基数可能合法地高于当前工资。例如，职工上一年度有较多的奖金、津贴、年终奖等收入，这些收入都应计入上一年度月平均工资来确定公积金缴存基数。
   • 如果本年度工资有所下降，但由于缴存基数是基于上一年度的平均水平计算的，因此可能出现公积金基数高于当前工资的情况。这种情况是正常合理的，并不构成违法。

3. 法律监管与权益保障：

   • 住房公积金管理中心有权对单位的公积金缴存情况进行监督检查，以确保公积金缴存符合规定。如果发现单位违规操作，如故意虚报高缴存基数，管理中心将责令单位限期缴存；逾期仍不缴存的，可以申请人民法院强制执行。
   • 职工在发现公积金基数存在疑问或不合规情况时，应积极向当地住房公积金管理中心咨询和反映情况，以维护自己的合法权益。

4. 职工应对措施：

   • 职工应了解自己的权益和相关的法律法规，以便在必要时采取合适的措施。例如，如果发现单位故意虚报高缴存基数以扣减工资，职工可以要求单位提供合理的解释和依据。
   • 如果单位无法提供合理解释或拒绝改正，职工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

法律建议：

• 职工在遇到公积金基数调高但工资被扣的情况时，首先应核实自己的实际工资水平和上一年度的收入情况。
• 如果确认单位存在违规操作，如故意虚报高缴存基数以扣减工资，职工应积极向相关部门反映情况并寻求法律帮助。
• 同时，职工也应了解自己的权益和相关的法律法规，以便在必要时采取合适的措施维护自己的合法权益。

可能的法律后果：

• 如果单位故意虚报高缴存基数以规避法律或谋取不当利益，将可能面临住房公积金管理中心的处罚，包括责令限期缴存、申请人民法院强制执行等。
• 职工如果因此遭受损失，如工资被扣减等，也有权要求单位承担相应的赔偿责任。