结论：公司员工工资中基本工资2000元低于全市基本工资2080元的情况，一般是不合法的。但具体是否违法，还需结合劳动合同、公司规章制度以及地方性法规进行综合判断。

一、基本工资与最低工资标准的法律关系

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，最低工资标准是指劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。这一标准通常由省、自治区、直辖市人民政府规定，并报国务院备案。

• 若全市基本工资2080元指的是当地政府规定的最低工资标准：

  • 那么公司支付的基本工资2000元显然低于这一标准，违反了法律规定。
  • 根据《劳动法》第九十一条，用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：…（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。

• 若全市基本工资2080元并非最低工资标准，而是某种平均水平或参考值：

  • 则不能直接以此判断公司支付的基本工资是否合法。
  • 此时，需要查看劳动合同中是否明确约定了基本工资数额，以及该数额是否违反了法律法规的强制性规定。

二、劳动合同与规章制度的重要性

1. 劳动合同的约定：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
   • 如果劳动合同中明确约定了基本工资数额，且该数额不低于当地最低工资标准，则用人单位支付该数额是合法的。
   • 如果劳动合同中的约定低于最低工资标准，则该约定无效，用人单位应按最低工资标准支付。

2. 公司规章制度的规定：

   • 公司规章制度是用人单位制定的组织劳动过程和进行劳动管理的规则和制度的总和。
   • 如果公司规章制度中规定了基本工资的支付标准，且该标准不低于最低工资标准，则用人单位应遵守。
   • 但规章制度不得违反法律法规的强制性规定，否则无效。

三、地方性法规的考量

• 不同地区可能根据当地经济发展水平、生活成本等因素制定了不同的最低工资标准。
• 因此，在判断公司支付的基本工资是否合法时，还需考虑当地的具体规定。
• 如果当地有更高的最低工资标准或特殊规定，用人单位应遵守这些规定。

四、建议与后续行动

1. 核实最低工资标准：

   • 首先，应核实当地政府规定的最低工资标准是多少。
   • 可以通过当地劳动保障部门或政府官方网站查询。

2. 审查劳动合同与规章制度：

   • 审查劳动合同中是否明确约定了基本工资数额。
   • 审查公司规章制度中是否有关于基本工资的规定。

3. 与用人单位协商：

   • 如果发现公司支付的基本工资低于最低工资标准，可以与用人单位协商要求调整。

4. 寻求法律援助：

   • 如果协商无果，可以向当地劳动保障部门投诉或申请劳动仲裁。
   • 在此过程中，如有需要，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律帮助。

总结：公司员工工资中基本工资2000元低于全市基本工资（若指最低工资标准）2080元的情况，一般是不合法的。但具体是否违法，还需结合劳动合同、公司规章制度以及地方性法规进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。