基本工资低于1000元是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况进行综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 与当地最低工资标准的比较

   • 合法情形：若基本工资不低于所在地区的月最低工资标准，则合法。例如，如果某地区的最低工资标准为900元/月，那么基本工资1000元就是合法的。
   • 违法情形：若基本工资低于所在地区的月最低工资标准，则违法。例如，如果某地区的最低工资标准为1200元/月，那么基本工资1000元就是违法的。
   • 特别提醒：最低工资标准可能包含或不包含劳动者个人缴纳的社会保险费和住房公积金等，具体以当地规定为准。因此，在判断时，需要了解当地最低工资标准的具体构成。

2. 工资构成及实际发放情况

   • 合法情形：即使基本工资符合最低工资标准，但如果劳动合同中约定了其他工资组成部分（如绩效工资、奖金等），且这些部分在实际发放中得到了合理体现，那么整体工资待遇可能是合法的。
   • 违法情形：如果劳动合同中虽约定了基本工资和绩效工资，但绩效工资部分设定过高门槛，导致员工几乎无法获得，实际工资远低于正常劳动应得报酬，这种情况可能被视为违法。例如，基本工资1000元，但绩效工资设定为每月必须完成100万元的销售任务才能获得，这显然是不合理的。

3. 特殊行业与岗位

   • 合法情形：对于特殊行业、特殊岗位或临时性、非全日制工作，只要支付的工资不低于当地规定的相应小时最低工资标准，即可能是合法的。例如，非全日制工作的最低小时工资标准为15元/小时，如果劳动者每小时的工资不低于这个标准，那么就是合法的。

4. 历史合同的处理

   • 合法情形：如果劳动合同是以前签订的，且当时约定的基本工资1000元是有效的，但现在已不低于当地最低工资标准，那么该约定在当前仍然是合法的。
   • 违法情形：如果劳动合同是以前签订的，且当时约定的基本工资1000元现在已低于当地最低工资标准，那么该约定不再具有法律效力。用人单位应按照当前最低工资标准支付工资。

5. 加班费等计算

   • 合法情形：在计算加班费等时，如果按基本工资1000元计算，且这一数额不低于劳动者实际应得的加班费（即符合加班费计算标准），那么是合法的。
   • 违法情形：在计算加班费等时，若仍按基本工资1000元计算，且这一数额低于劳动者实际应得的加班费，劳动者有权要求用人单位补足差额。例如，劳动者加班了10小时，按照当地规定应获得200元的加班费，但用人单位只按基本工资1000元的标准计算了100元的加班费，那么用人单位就需要补足差额。

劳动者权益保护建议：

• 劳动者应了解自己的工资构成、实际发放情况以及当地最低工资标准等，以确保自己的权益不受侵害。
• 若认为工资待遇不合法，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁维护自己的权益。
• 在维权过程中，劳动者可以寻求工会的支持和帮助，工会依法维护劳动者的合法权益。

综上所述，基本工资低于1000元是否合法取决于多个因素的综合考量。如果你对此有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。