发包人抗辩存在工程质量问题，法院未释明鉴定并不必然构成程序违法。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法院未释明鉴定的合法性基础
反诉的独立性：
- 发包人若以工程质量缺陷为由对抗承包人，以消灭或部分减少应付工程款，必须提起反诉。这是因为，在已办理竣工验收手续或虽未办理验收手续但发包人已实际接收工程的案件中，竣工验收手续或者实际使用的情节本身就能够证明质量合格这一法律事实。发包人为证明质量不合格这一客观事实申请的质量鉴定，需要另外一个独立的诉请（反诉）来作为载体，其无法在本诉中与质量合格的法律事实兼容。
- 若发包人未提起反诉，法院通常不会主动释明进行质量鉴定，因为这涉及发包人是否行使诉权的问题，法院不能代替当事人决定是否提起反诉。
举证责任：
- 发包人主张工程质量存在问题，应当承担举证责任。若发包人未能充分举证证明案涉工程存在质量问题，法院结合案涉工程主体结构质量经验收合格、发包人已接收使用案涉工程的实际情况，未准许发包人进行质量鉴定的请求，并无不当。
二、法院未释明鉴定的可能情形及后果
工程已验收合格或视同合格：
- 若工程已办理竣工验收手续且验收合格，或者虽未办理验收手续但发包人已实际接收并使用工程，应视为工程质量合格。在此情形下，发包人再主张工程质量问题并申请鉴定，法院可能不予准许。
- 若发包人坚持认为工程存在质量问题，可以另行提起诉讼，而不是在本诉中要求鉴定。
发包人未充分举证：
- 若发包人未能提供充分证据证明工程存在质量问题，法院可能认为其鉴定申请缺乏必要性，从而不予准许。
- 在此情形下，发包人需要承担举证不能的法律后果，即可能无法以工程质量问题为由对抗承包人的工程款请求。
三、法律建议
发包人角度：
- 若发包人认为工程存在质量问题，且该问题足以影响工程款的支付，应及时提起反诉，并申请质量鉴定。
- 在提起反诉前，发包人应充分收集证据，证明工程存在质量问题，以及该问题对工程款支付的影响。
承包人角度：
- 承包人应确保工程质量符合合同约定和法律规定，避免给发包人留下主张质量问题的把柄。
- 若发包人提出质量问题并申请鉴定，承包人应积极配合鉴定工作，并提供必要的证据和资料。
法院角度：
- 法院在审理此类案件时，应明确告知当事人举证责任和反诉的独立性，避免当事人因不了解法律程序而遭受不必要的损失。
- 若发包人未提起反诉但申请质量鉴定，法院应结合案件实际情况和举证责任分配原则，审慎决定是否准许鉴定申请。