在法院申请工程质量鉴定时，如果发现所涉建筑是违章建筑，处理方式会因具体情况而有所不同，以下是详细分析：

1. 工程质量鉴定程序可能中止或终止

   • 法律依据：根据《民事诉讼法》及相关司法解释，鉴定的目的是为了解决诉讼中的专门性问题。如果建筑本身是违章建筑，其合法性存疑，那么工程质量鉴定可能失去合法前提。因为违章建筑不受法律保护，对其质量的鉴定可能无法在法律框架内产生预期的法律效果。
   • 实际操作：在这种情况下，法院可能会中止或终止工程质量鉴定程序，并要求当事人先解决建筑的合法性问题，例如通过行政程序确认建筑是否属于违章建筑，以及是否需要拆除等。

2. 法院可能将案件移送相关部门处理

   • 行政处理：如果法院在审理过程中发现建筑是违章建筑，且该问题不属于法院民事诉讼的受理范围，法院可能会将案件移送至城市规划、建设管理等行政部门，由这些部门根据相关法律法规对违章建筑进行处理。
   • 处理结果影响：行政部门的处理结果，如是否要求拆除违章建筑、是否处以罚款等，可能会对原工程质量鉴定申请及后续诉讼产生影响。例如，如果违章建筑被要求拆除，那么工程质量鉴定可能就不再必要。

3. 当事人可另行提起行政诉讼

   • 行政诉讼途径：如果当事人对行政部门的处理决定不服，例如认为行政部门对违章建筑的认定有误，或者处理方式不当，当事人可以依法提起行政诉讼，请求法院审查行政行为的合法性。
   • 与民事诉讼的衔接：在行政诉讼期间，原民事诉讼中关于工程质量鉴定的申请可能会处于暂停状态，待行政诉讼有结果后，再根据情况决定是否继续进行工程质量鉴定。

4. 若建筑合法性不影响质量鉴定目的，鉴定可能继续

   • 特殊情况：在某些特殊情况下，即使建筑是违章建筑，但当事人申请工程质量鉴定的目的可能是为了确定建筑是否存在安全隐患、是否需要加固等，且这些鉴定结果不依赖于建筑的合法性。在这种情况下，法院可能会允许工程质量鉴定继续进行。
   • 限制条件：然而，这种情况相对较少，且需要法院根据具体案情进行谨慎判断。

建议：

• 如果您在法院申请工程质量鉴定时发现所涉建筑可能是违章建筑，建议您及时与法院沟通，了解法院对案件的处理意向。
• 同时，您也可以咨询城市规划、建设管理等行政部门，了解建筑是否属于违章建筑以及可能的处理方式。
• 根据具体情况，您可能需要考虑是否先行提起行政诉讼以确认建筑的合法性，或者调整诉讼策略以适应案件的新情况。

在处理此类复杂法律问题时，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。