针对您提出的“法院直接认定违法建筑怎么办”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，法院通常不会直接认定违法建筑。法院作为司法机关，其主要职责是审理案件并作出裁判，而不是直接参与违法建筑的认定工作。违法建筑的认定通常由具有相应职权的行政机关，如城乡规划主管部门或乡镇人民政府，根据《中华人民共和国城乡规划法》等法律法规来进行。
在涉及违法建筑的案件中，法院的角色主要是进行司法审查。这通常发生在以下两种情形中：
行政诉讼中的司法审查：
- 当当事人对行政机关的违法建筑认定不服，向法院提起行政诉讼时，法院会对行政机关的认定决定进行全面审查。审查内容包括行政机关在认定过程中是否遵循了法定程序，以及认定的事实是否符合规划许可、土地使用等相关规定。
- 如果法院认为行政机关的认定决定存在错误或不当，它会作出相应的裁判，可能包括撤销、变更或确认行政机关的决定。
民事纠纷中的关联认定：
- 在某些民事纠纷中，如物权纠纷或合同纠纷，违法建筑的认定可能与案件的实体处理存在关联。在这种情况下，法院可能会对违法建筑的性质进行认定，以判断物权的归属、使用或合同的有效性和履行情况。
- 然而，即使在这种情况下，法院的认定也是基于行政机关的决定或相关法律规定，而不是直接进行认定。
如果法院在审理案件过程中涉及到了违法建筑的认定问题，您应该这样做：
- 理解法院的审查角色：认识到法院是在对行政机关的决定或相关法律规定进行审查，而不是直接认定违法建筑。
- 积极提供证据：如果您认为行政机关的认定决定存在错误或不当，您应该积极向法院提供相关证据，以支持您的主张。
- 尊重法院的裁判：无论法院最终作出何种裁判，您都应该尊重并遵守。如果您对裁判结果不服，您可以依法提起上诉或申请再审。
特殊情况下的考量：
- 在实际操作中，法院可能会考虑一些特殊情况，如历史遗留问题中的早期建设建筑。对于这些情况，法院会根据具体情况进行综合考量和认定，以确保法律的正确实施和公共利益的维护。
综上所述，法院在确认违法建筑问题上遵循法律程序和职权法定原则，通常不会直接认定违法建筑。而是依据行政机关的决定、相关法律规定及案件具体情况进行综合判断和裁判。在处理涉及违法建筑的案件时，您应当充分理解法律程序和法院的职责，合理行使自己的权利并承担相应的义务。