结论：针对您提出的问题，即母亲是菲律宾人、孩子在菲律宾出生、父亲在中国且不认可孩子的情况下是否可以起诉，答案是肯定的，可以起诉。但具体起诉的地点、方式和法律效果需根据具体情况和法律适用进行分析。
一、起诉的法律依据与地点选择
法律依据：
- 根据国际私法原则，涉及跨国婚姻和子女身份的问题，通常适用与案件有最密切联系的法律。在此情况下，可能涉及的法律包括菲律宾法律、中国法律以及可能的国际公约或条约。
- 特别是关于子女身份和亲子关系的认定，各国法律可能有所不同，但普遍原则是保护子女的合法权益，确保其身份得到合法确认。
起诉地点选择：
- 菲律宾：如果母亲和孩子长期居住在菲律宾，且孩子出生在菲律宾，那么在菲律宾起诉确认亲子关系可能是一个合理的选择。菲律宾法院将依据其国内法律进行审理。
- 中国：如果父亲在中国有住所或经常居所地，且孩子或母亲与中国有某种联系（如父亲是中国公民、孩子有中国血统等），那么在中国起诉确认亲子关系也是可能的。但需注意，中国法院在审理此类案件时，可能会考虑国际私法原则，并可能要求提供外国法律的证明或适用外国法律。
二、起诉的具体方式与法律效果
起诉方式：
- 无论选择在哪个国家起诉，都需要准备充分的证据来证明亲子关系。这可能包括DNA测试报告、出生证明、婚姻证明、通信记录等。
- 起诉时，应明确诉讼请求，如请求确认亲子关系、要求父亲承担抚养责任等。
法律效果：
- 如果在菲律宾起诉并获得有利判决，该判决在菲律宾境内具有法律效力。但如需在中国执行，可能需经过中国法院的承认与执行程序。
- 如果在中国起诉并获得有利判决，该判决在中国境内具有法律效力。同时，根据国际私法原则，该判决也可能在其他国家得到一定程度的承认与执行，但具体需依据相关国家的法律和国际条约。
三、实际操作中的建议
- 咨询专业律师：由于涉及跨国法律问题，建议咨询具有国际私法经验的律师，以便更准确地了解法律适用和诉讼程序。
- 准备充分证据：无论选择在哪个国家起诉，都需要准备充分的证据来支持自己的诉讼请求。
- 考虑法律效果与执行：在选择起诉地点时，应考虑判决的法律效果和执行可能性。如果可能的话，可以选择一个对判决执行更为有利的国家进行起诉。
总结：针对您提出的问题，可以起诉确认亲子关系，但具体起诉的地点、方式和法律效果需根据具体情况和法律适用进行分析。如果您在此方面有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。