结论：工程结算后，在一定条件下仍可提出质量问题扣款，但需满足法定或合同约定的情形，且需注意时效和程序要求。以下从不同角度展开分析：
1. 合同约定优先
- 若工程合同中明确约定了“结算后发现质量问题仍可扣款”的条款（如质量保证金条款、保修期扣款条款等），则发包方有权依据合同主张扣款。
- 关键点：需审查合同条款是否明确约定了扣款条件、期限及程序。例如，合同可能规定“结算后一年内发现质量问题，可从质保金中扣除修复费用”。
2. 法定质量保修责任
- 根据《建设工程质量管理条例》及《民法典》相关规定，承包方对工程质量负有法定保修义务（如防水工程保修5年、电气管线保修2年等）。
- 若质量问题发生在保修期内：发包方有权要求承包方免费维修；若承包方拒绝或未及时维修，发包方可自行修复并从质保金中扣款，或通过法律途径追偿。
- 若质量问题超出保修期：除非能证明质量问题系承包方施工不当导致（如隐蔽工程缺陷），否则发包方一般无权扣款。
3. 结算协议的效力
- 若双方已签署《工程结算协议》且未明确保留质量问题扣款权利，则发包方可能被视为放弃后续扣款主张。
- 例外情形：若结算协议存在重大误解、显失公平或欺诈、胁迫等情形，发包方可依据《民法典》请求撤销或变更协议，但需在法定期限内（如1年内）主张。
4. 证据与程序要求
- 证据：发包方需提供充分证据证明质量问题存在（如检测报告、照片、视频等）及修复费用合理性（如预算书、发票等）。
- 程序：应按合同约定或法定程序通知承包方维修；若承包方拒绝，需通过书面形式留存证据，避免口头沟通导致举证困难。
5. 时效限制
- 工程质量问题主张的时效通常为3年（自知道或应当知道权利受损之日起算），但保修期内的扣款不受此限制（以保修期届满为准）。
建议
- 立即审查合同条款及结算协议，明确双方权利义务；
- 收集质量问题证据，并评估是否在保修期内；
- 若符合扣款条件，应通过书面形式正式通知承包方，并保留送达证据；
- 若协商无果，可依法提起诉讼或仲裁，但需注意时效风险。
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