工程质量不合格并不直接等同于发包方可以拒绝支付全部工程款，具体是否结款及如何结款，需根据工程质量的实际情况、合同条款的约定以及法律程序的要求来综合判断。以下是对这一问题的详细分析：

1. 修复后经验收合格的情况

   • 如果建设工程在竣工验收时不合格，但经过修复后验收合格，那么发包人仍然需要支付工程价款。不过，发包人有权要求承包人承担修复费用。这意味着，在工程质量得到修复并达到合格标准的情况下，发包人的付款义务并未免除，只是可以扣除因修复产生的合理费用。例如，一个建筑项目在初次验收时发现墙面存在裂缝，经过承包人修复后，墙面裂缝得到解决，且整体工程通过验收，那么发包人就需要支付工程款，但可以扣除修复墙面裂缝的费用。

2. 修复后仍不合格的情况

   • 如果修复后的建设工程仍然无法通过竣工验收，即工程质量持续不合格，那么承包人无权要求发包人支付工程价款。因为工程质量是建设工程的核心要素，如果无法实现使用目的，承包人就不能获得相应的报酬。比如，一个桥梁建设项目在修复后仍然存在结构安全隐患，无法通过验收，那么承包人就不能要求发包人支付工程款。

3. 未经竣工验收擅自使用的情况

   • 如果发包人在未经验收的情况下擅自使用了工程，并以质量不符合约定为由主张拒付工程款，通常不会得到法院的支持。但是，承包人仍需对地基基础工程和主体结构的质量在合理使用寿命内承担民事责任。这意味着，即使工程被擅自使用，对于关键部分的质量问题，承包人依然需要负责。例如，一个住宅项目在未经验收的情况下，发包人擅自入住，后来发现地基存在沉降问题，虽然发包人不能以此为由拒付全部工程款，但承包人仍需要对地基的沉降问题负责并承担修复费用。

4. 合同条款的审查与评估

   • 在处理工程质量问题时，合同条款的审查与评估至关重要。合同中可能明确规定了质量标准、验收程序以及不合格后果的约定。如果合同中明确规定了相关条款，发包人可以依据这些条款来行使自己的权利，包括拒绝支付部分或全部工程款。因此，在签订合同时，双方应明确约定工程质量标准、验收程序以及不合格时的处理方式，以避免后续争议。

5. 沟通与协商的重要性

   • 在实际操作中，建议发包方与承包方保持积极沟通，共同评估工程质量问题的严重程度和对整体工程的影响。对于一些可修复的轻微瑕疵，可以通过协商扣除部分款项作为修复费用，以避免不必要的法律纠纷。例如，一个装修项目在验收时发现部分墙面涂料存在色差，但不影响整体使用，双方可以通过协商扣除部分款项作为修复色差的费用，从而达成和解。

6. 法律程序与时间成本的考虑

   • 如果决定通过法律途径解决争议，如诉讼或仲裁，需要充分考虑法律程序的时间和成本。在某些情况下，尽管工程质量存在问题，但通过法律手段追求全额拒付可能并非最优选择。因此，在决策前应权衡利弊，根据具体情况选择合适的解决方式。

总结与建议：

在处理工程质量不合格与款项结算的问题时，建议发包方和承包方均应遵循法律法规的要求，仔细审查合同条款，积极沟通协商，并在必要时寻求我的专业帮助。通过综合运用法律知识和实践经验，可以更有效地解决争议，保护双方的合法权益。如果你有任何关于建设工程合同纠纷的法律问题，都可以直接向我咨询。