在公司签订借款合同但款项被个人使用的情况下，被告的确定需依据具体情况来分析：
若借款合同以公司名义签订，且款项名义上用于公司经营，但实际被个人使用：
- 在此情况下，如果出借人并不知情款项的实际使用情况，且合同上明确显示借款方为公司，那么公司通常是适格的被告。因为合同具有相对性，公司作为合同的一方，应当承担合同约定的义务。
- 如果出借人知情款项被个人使用，且个人以某种方式（如口头承诺、书面协议等）表示愿意承担还款责任，那么出借人可能会选择将公司和个人都列为被告，要求两者共同承担还款责任。但这种情况需要具体的证据支持，如个人承诺还款的书面材料等。
若法定代表人或负责人以公司名义签订借款合同，但款项被其个人使用：
- 根据法律规定，法定代表人或负责人以公司名义与出借人签订民间借贷合同，公司为合同相对人，是适格被告。但如果法定代表人或负责人滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益，那么股东（包括法定代表人或负责人个人，如果其是股东的话）可能需要对公司债务承担连带责任。此时，出借人可以将公司和股东作为共同被告。
若存在债务加入情形：
- 债务加入是指第三人承诺由其履行公司债务。在这种情况下，如果第三人明确表示愿意承担还款责任，并且出借人同意，那么出借人可以将该第三人列为共同被告，要求其与公司共同承担还款责任。
法律建议：
- 对于出借人而言，在签订借款合同时，应明确借款方、借款用途、还款方式等关键条款，并保留好相关证据，如借款合同、款项交付凭证等。如果发现款项被个人使用而非公司经营，应及时收集证据，并考虑是否将个人列为共同被告。
- 对于公司而言，应加强对借款合同的管理和监督，确保款项按照合同约定使用。如果发现法定代表人或负责人滥用职权，将款项用于个人目的，应及时采取措施，防止损失扩大，并考虑追究相关人员的法律责任。
可能的法律后果：
- 如果公司被确定为被告，并且未能按照合同约定履行还款义务，那么公司可能需要承担还款责任，包括偿还本金及合法利息。
- 如果股东被确定为共同被告，并且被认定存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任的行为，那么股东可能需要对公司债务承担连带责任。
- 如果第三人被确定为共同被告，并且被认定存在债务加入的行为，那么第三人可能需要与公司共同承担还款责任。
在实际操作中，被告的确定可能涉及复杂的法律事实和证据认定，因此建议当事人在遇到此类问题时，及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。