公司不得因部门负责人怀孕而进行违法处理，合法合规的处理方式主要包括以下几种情况：

1. 正常履行劳动合同
   根据《劳动法》《劳动合同法》及《女职工劳动保护特别规定》，女职工在孕期、产期、哺乳期（简称“三期”）内，用人单位不得单方解除劳动合同（除员工存在严重违纪等法定过失情形外），也不得降低其工资待遇。因此，若部门负责人怀孕，公司应继续履行原劳动合同，保障其岗位、薪资及福利待遇不变。

2. 调整工作岗位需协商一致
   若因孕期身体原因（如医生建议避免特定工作），公司可与员工协商调整至更适宜的岗位，但调整需满足两个条件：

   • 必要性：岗位调整需基于医疗证明或员工实际身体状况；
     
   • 合理性：调整后的岗位应与原岗位薪资、职级相当，不得变相降职降薪。
     若员工不同意调整，公司不得强制执行。

3. 依法安排产检假、产假

   • 产检假：孕期员工可享受法定产检时间（按医嘱次数计算，通常计入劳动时间，工资正常发放）；
     
   • 产假：根据《女职工劳动保护特别规定》，基础产假为98天（其中产前可休15天），难产、多胞胎等情形可增加产假天数。各地可能额外延长产假（如北京延长60天），需以当地政策为准。
     产假期间，公司应按原工资标准或生育津贴支付待遇（二者取高者）。

4. 禁止歧视性处理
   公司不得因怀孕对员工进行以下行为：

   • 强制调岗至边缘化岗位（如从管理岗调至普通职员）；
     
   • 以“能力不足”“影响团队”等理由降薪或辞退；
     
   • 拒绝提供必要的劳动保护（如防辐射设备、调整工时等）。
     若公司存在上述行为，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求恢复岗位、补发工资或赔偿。

风险提示与建议：

• 若公司提出“协商解除劳动合同”，员工需谨慎签署协议，避免放弃法定权益；
  
• 保留产检记录、工资条、调岗通知等证据，以备维权使用；
  
• 如遇公司违法处理，可优先通过劳动监察大队投诉（流程较快），或直接申请劳动仲裁（需在1年内提出）。
  

如有具体情境（如公司已发出调岗通知、工资异常等），可进一步说明，我将结合细节提供针对性建议。