结论前置：
详细分析：
在合同纠纷中，违约金是双方约定的一种违约责任承担方式。当合同中的违约金条款被纳入调解协议，并经过合法流程得到确认与执行后，该条款仍然具有法律效力。然而，这并不意味着违约金数额不可调整。
一、法律依据：
根据《民法典》第五百八十五条的规定：“当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。”
这一条款明确赋予了当事人在认为违约金过高时，向法院或仲裁机构申请降低的权利。
二、申请降低的条件：
违约金过分高于实际损失：这是申请降低违约金的核心条件。被告需要证明调解协议中约定的违约金数额，相较于其违约行为给原告造成的实际损失，明显过高。
提供充分证据：被告在申请降低违约金时，必须提供有力的证据来支持其观点。这些证据可能包括合同履行情况、原告的实际损失、市场行情等。若未能充分提供相应证据，其削减请求很可能会面临被驳回的风险。
三、申请降低的程序：
被告在认为调解协议中约定的违约金过高时，可以向执行调解协议的法院提出申请。法院在收到申请后，会进行审查，并根据具体情况决定是否召开听证会或要求双方提供进一步证据。最终，法院会根据审查结果，决定是否对违约金数额进行调整。
四、注意事项：
及时申请：被告应在发现违约金过高后，及时向法院提出申请，以免错过申请时机。
充分准备证据：被告在申请降低违约金前，应充分准备相关证据，以支持其观点。
尊重法院裁决：无论法院最终是否决定降低违约金数额，被告都应尊重法院的裁决，并履行相应的法律义务。
五、实际案例参考：
在实际操作中，已有许多案例表明，当调解协议中约定的违约金过分高于实际损失时，法院会根据当事人的申请进行适当调整。这些案例为被告提供了有力的法律支持和实践参考。
总结与建议：
被告在法院调解后，若认为调解协议中约定的违约金过高，仍然有权向法院申请降低。但能否成功降低，需视具体情况而定。因此，建议被告在申请前充分准备证据，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。若您有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。