结论前置：合同约定的违约金过高，法院判决酌情降低后，诉讼费的处理需分情况讨论，一般原则是由法院根据判决结果重新确定诉讼费承担比例，可能涉及部分退还或由当事人补缴。以下是具体分析：

1. 诉讼费的基本原则：败诉方承担

根据《诉讼费用交纳办法》第二十九条，诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。若法院判决降低违约金，通常意味着原告（主张违约金的一方）的部分诉求未获支持，此时诉讼费的承担比例会根据判决结果调整：

• 若原告部分胜诉、部分败诉：法院会根据双方责任大小，重新划分诉讼费承担比例。例如，原告主张违约金10万元，法院仅支持5万元，则原告可能需承担部分诉讼费，被告承担剩余部分。
• 若原告完全败诉：诉讼费全部由被告承担的情况会因判决调整而改变，原告可能需承担全部或大部分诉讼费。

2. 违约金调整对诉讼费的具体影响

• 法院主动调整诉讼费：在判决中，法院会明确诉讼费的最终承担比例。若违约金被降低，法院可能同时裁定：
  • 原告已预交的诉讼费中，超出其应承担部分的部分予以退还；
  • 被告需补缴其应承担的诉讼费（若原判决中被告未承担或承担较少）。
• 当事人申请退费：若法院未主动处理，当事人可在判决生效后，凭生效法律文书向法院申请退还多预交的诉讼费。

3. 实务中的操作建议

• 关注判决主文：仔细阅读判决书，确认法院对诉讼费承担的具体裁定。若对裁定有异议，可在上诉期内提出上诉。
• 及时申请退费：若法院未主动退费，当事人应在判决生效后及时向法院提交退费申请，避免延误。
• 协商解决：若双方对诉讼费承担无争议，可协商一致后向法院提交书面意见，由法院确认并记录在案。

4. 法律依据

• 《诉讼费用交纳办法》第二十九条：诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。
• 《民法典》第五百八十五条：约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

总结：违约金过高被法院调整后，诉讼费会根据判决结果重新划分承担比例。当事人应关注判决书中的裁定内容，及时申请退费或补缴，必要时可咨询专业律师协助处理。如有进一步疑问，欢迎直接向我提问。