公司出钱考的特种作业证由公司保管，这一行为本身并不直接违法，但需视具体情况和双方约定而定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 从合同或协议角度

• 若存在明确约定：如果员工与公司之间在劳动合同、培训协议或其他相关文件中明确约定了特种作业证的保管方式（如由公司保管），则双方应遵守该约定。这种情况下，公司保管证件是合法的，因为双方已经就此达成了共识。
• 若无明确约定：如果双方没有就特种作业证的保管方式作出明确约定，那么公司单方面决定保管证件可能缺乏法律依据。此时，员工有权要求公司返还证件，或者双方可以协商确定保管方式。

2. 从员工权益角度

• 员工对证件的所有权：特种作业证是员工通过自身努力和公司资助获得的，属于员工的个人财产（在职业资格意义上）。因此，员工有权决定证件的保管方式，除非有法律或合同规定否则。
• 公司保管的合理性：公司保管证件可能是出于管理需要或确保员工持续为公司服务的考虑。然而，这种保管方式不应侵犯员工的合法权益，如影响员工跳槽或自主择业等。

3. 从法律合规角度

• 遵守相关法律法规：公司在保管特种作业证时，应确保不违反相关法律法规，如《劳动法》、《劳动合同法》等。这些法律法规保护员工的合法权益，包括对个人财产（如证件）的处置权。
• 避免滥用保管权：公司不得利用保管证件的便利，对员工进行不合理的限制或压迫，如要求员工支付高额赎金才能取回证件等。

4. 建议与解决方案

• 双方协商：如果员工对公司保管证件有异议，建议双方首先进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
• 明确约定：为避免未来可能出现的纠纷，双方可以在劳动合同或相关协议中明确约定特种作业证的保管方式、使用权限以及返还条件等。
• 法律途径：如果协商无果，员工可以寻求法律途径解决争议，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

总结来说，公司出钱考的特种作业证由公司保管是否合法，取决于双方是否有明确约定以及该约定是否违反相关法律法规。在无明确约定的情况下，公司单方面决定保管证件可能缺乏法律依据。因此，建议双方在处理此类问题时保持沟通、明确约定，并遵守相关法律法规。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。