结论：使用特种作业假证被查出后，是否还能在公司上班，取决于公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定，但通常情况下，使用假证属于严重违反公司规章制度和职业道德的行为，公司有权解除劳动合同。
分析如下：
公司规章制度与劳动合同：
- 大多数公司都会在其规章制度中明确规定，员工必须提供真实、有效的证件和资料。如果员工提供虚假证件，公司有权依据规章制度进行处理，包括解除劳动合同。
- 劳动合同中也可能包含关于员工提供真实资料的条款。如果员工违反这些条款，公司同样有权解除劳动合同。
法律法规规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。使用特种作业假证显然属于严重违反规章制度的行为。
- 此外，如果使用假证的行为还涉及到了其他违法行为（如伪造、变造国家机关证件等），那么员工还可能面临刑事责任的追究。
实际操作中的考虑：
- 在实际操作中，公司一旦发现员工使用假证，通常会立即进行调查，并根据调查结果和公司规章制度作出相应处理。
- 如果公司决定解除劳动合同，通常会提前通知员工，并支付相应的经济补偿（如果符合法定条件）。但如果是因员工严重违反规章制度而解除劳动合同，公司可能无需支付经济补偿。
建议：
- 对于员工：如果你已经使用了特种作业假证，并且担心被公司查出，我建议你尽快向公司坦白并说明情况，争取公司的谅解。同时，你也应该尽快取得真实的特种作业证件，以符合公司的要求和法律法规的规定。
- 对于公司：如果你发现员工使用了特种作业假证，我建议你立即进行调查，并根据调查结果和公司规章制度作出相应处理。在处理过程中，你应该确保程序合法、公正，并充分保障员工的合法权益。
后续行动：
- 如果你或你的公司面临类似的问题，并且需要进一步的法律帮助或咨询，请直接向我提问。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。